ניצחונה של מדינת ישראל על מדינות ערב במלחמת ששת הימים, נזקף בעיני רבים לזכותו של חיל האוויר הישראלי עם תחילת המלחמה. פעילותו של חיל האוויר עם תחילת המלחמה נעשתה תחת מבצע מתוכנן הקרוי 'מבצע מוקד', והוא למעשה פתח את קרבות מלחמת ששת-הימים. מבצע זה חיסל למעשה את יכולות התקיפה האוויריות של חילות ערב.
במלאות 50 שנה למבצע מוקד, התיר היום (ראשון) ארכיון משרד הביטחון לפרסם את מסמכי המבצע. מסמכי סיכון המבצע הכוללים עשרות עמודים פותחים בציטוט הרמטכ"ל דאז, יצחק רבין: "כושרו של חיל האוויר הישראלי, תעוזת טייסיו ומסירותם של צוותי הקרקע שלו – הם שהעניקו לצה"לאת האפשרות לנצח במלחמת ששת הימים בזמן קצר והם שמנעו סבל ואבדות בקרב האוכלוסייה האזרחית. זאת, הואיל ושבירת כוחו האווירי של האויב, עד כדי השמדה גמורה כמעט, העניקה לחיל האוויר הישראלי עליונות מלאה ושליטה גמורה באוויר".
מבצע מוקד תוכנן כבר כ-5 שנים לפני פרוץ המלחמה מתוך הנחה שישנו צורך חיוני להשיג עליונות אווירית בעת מצוקה, פקודת המבצע עצמה נכתבה כבר כשלושה חודשים בטרם החלה מלחמת ששת הימים. המבצע עצמו תוכנן לפי מספר אפשרויות, אך כולן כללו תקיפה של חיל האוויר המצרי בשל חשיבותו הרבה. בתקיפה הראשונית עצמה, הוזנקו 197 מטוסים בזמן קצוב ביותר ורק ארבעה מטוסים בלבד הושמו כדי להגן על המרחב האווירי של ישראל במידה ותותקף באותו זמן על-ידי כוחות אויב.
בבוקר כ"ו באייר תשכ"ז, הגיעו שר הביטחון דאז משה דיין, הרמטכ"ל יצחק רבין, סגן הרמטכ"ל עזר וייצמן ומפקד חיל-האוויר מרדכי הוד אל מוצב השליטה של חיל האוויר. 'מבצע מוקד' יצא לדרך בשעה 07:14 תוך שמירת דממת אלחוט. בתקיפה שארכה קצת יותר משעה וחצי הושמדו 11 שדות תעופה מצריים ובעיקר שדה התעופה בביר גפגפה, כאשר מטרת גל התקיפות הראשוני הוא להוציא את המטוסים ואת מסלולי ההמראה מכלל שימוש.
ואולם, מהלך המבצע לא היה חף מקשיים. במסמכים שפורסמו ניתן לקרוא על קשיים שונים שכללו בעיקר קשיי ניווט ומתח רב בקרב הטייסים שנגרם בין השאר מדממת האלחוט שנכפתה, גובה הטיסה הנמוך ובעיקר הבלתי נודע. כוחות חיל האוויר איבדו במבצע זה בחזית המצרית 5 לוחמים, שני טייסים נפלו בשבי ועוד שלושה נפצעו.
כבר באותו היום תקפו כוחות חיל האוויר גם את כוחות האוויר של הצבא הירדני, הסורי והעירקי. בצהרי היום, שדות התעופה הירדניים הוצאו כולם מכלל שימוש, מה שגם השפיע על כוחות האוויר העירקיים.
בסיכום המבצע נכתב, "הזוכר את החששות שליוו דרגים שונים, מדיניים וצבאיים כאחד, מפני סבל וקורבנות בין האוכלוסייה האזרחית, יבין אל נכון את גודל ההישג בזכרו שאף מטוס מצרי, ולו גם אחד ויחיד, לא תקף מטרה בתחומה של מדינת ישראל. התכנית להשגת העליונות האווירית כפי שהיא מוצאת ביטוי בתכנית האב 'מוקד', השיגה את כל המטרות שהציבה לעצמה. המפציצים, האיום שריחף כחרב המתהפכת על ראשיהם של אזרחי ישראל, הושמדו, רובם ככולם".
