זמן קצר לאחר סיום מבצע עמוד ענן כבר דיווחו בעזה כי השתקמו מנזקי המבצע. דרך מעבר רפיח הפתוח ובחסות ממשל האחים המוסלמים במצרים, זרמו משלחות סיוע מטורקיה ומעיראק עם עשרות משאיות ומיליוני דולרים. במקביל החלה לפעול "הוועדה הקטארית לשיקום הרצועה", שעל תחילת פעילותה סוכם זמן קצר לפני מבצע "עמוד ענן" בביקורו של אמיר קטאר בעזה. ממשלת קטאר התחייבה לסכום של 407 מיליון דולר, שהוקדש לפרויקטים שונים שכללו שיפוץ כבישים, תשתיות מים ומבני ציבור, אבל גולת הכותרת היתה הקמת שכונת "עיר חאמד" במערב חאן יונס, על חורבות יישובי גוש קטיף. קטאר השקיעה בשיקום הרצועה באופן דומה לפעילותה בדרום לבנון לאחר מלחמת לבנון ה-2, שבה השקיעה למעלה מ-300 מיליון דולר.
ב-29 בדצמבר 2013 מצרים פתחה את מעבר רפיח לכניסת חומרי בניין, וב-30 בדצמבר נכנס המשלוח הראשון של כ-30 משאיות שהכילו 1,500 טונות של חומרי בניה שנועדו לשיקום וסלילה מחדש של כבישים מרכזיים. למעשה מאז עליית חמאס לשלטון נאסרה הכנסת חומרי בניין שהוגדרו כמוצר "דו־שימושי" לרצועה, למעט לפרויקטים ציבוריים כמו בתי־ספר, בתי־חולים, דיור ותשתיות, שבוצעו על ידי ארגונים בינלאומיים בכפוף לאישור צה"ל. כעת, לאחר מבצע "עמוד ענן", אושרו ונכנסו לראשונה מאות משאיות לשיקום כבישים ובתים. בכתבה שפורסמה באתר 'מאקו' צוטט ראש ענף תיאום כלכלה במת"ק עזה, סגן אלוף אבי שלו, שאמר כי "החשש שארגון חמאס ינצל את ההטבה לרעה עומד בעינו, אך צה"ל ימשיך לפעול למניעת הטרור היוצא מהרצועה".
ההקלות באו לידי ביטוי לא רק בהכנסת חומרי בניין, אלא גם בהכנסת כלי רכב חדשים, ומתן היתר - כפועל יוצא של הסכם הפסקת האש - ל'חקלאים' לעבד אדמות עד למרחק 100 מ' מגדר המערכת. "החקלאים הפלסטינים מגיעים בעשרותיהם לשטח הצמוד לגדר מדי יום. האדמה פורייה מאוד, והם כבר החלו לעבד את השטחים שהוקצו להם" צוטט סא"ל שלו בכתבה. עבור חמאס, שחיקת ה'פרימטר' של שלוש מאות המטרים שהיה עד עמוד ענן היה יעד אסטרטגי כדי לקדם את תוכניתו השאפתנית שבישראל לא הבינו אותה - מתקפה נרחבת נגד יישובי הדרום. הדרך הייתה באמצעות פיתוח 'חקלאי' כביכול של האזורים הסמוכים לגדר, והתקהלויות 'עממיות' יזומות על הגדר שהלכו ותכפו.
הבנייה ברצועה תפסה תאוצה: ב-4 בפברואר 2013 אונר"א מסיימת את בניית השלב הראשון של "השכונה הסעודית" ברפיח, פרויקט שמומן ע"י סעודיה ובוצע באמצעות אונר"א, והתחילה את בניית השלב השני שעל פי התכנון אמור לכלול 1,080 דירות. קטאר מממנת את הרחבת ושיפוץ הכבישים הראשיים ברצועה, וטורקיה מתחילה בבניית בית החולים הטורקי על חורבות היישוב נצרים. באפריל 2013 החלו בבניית בית החולים האינדונזי בבית לאהיה. בפעילות צה"ל במהלך "חרבות ברזל", נחשפו מנהרות ותשתיות טרור של חמאס ברבים מפרויקטי הבנייה האלו, מנהרות שחלקן נחפרו ככל הנראה כבר בזמן הבנייה.
התנועה במעבר רפיח שהגיעה לשיא בזמן שלטון מורסי (על פי הערכות גורמי ביטחון ישראליים מספר העוברים ושבים בשנת 2012 עמד על כ-430 אלף איש בשני הכיוונים, לעומת 240 אלף בשנת 2011), אפשרה לבכירי חמאס להיכנס ולצאת מהרצועה והביאה לשגשוג מדיני של חמאס. כך ב-20 בינואר מבקר לראשונה אוסאמה חמדאן - חבר הנהגת חמאס, ברצועת עזה ,לאחר 46 שנה. ב-22 בינואר מגיע לבקר בעזה ראש ממשלת מלזיה. מרואן עיסא - שמונה לסגן רמטכ"ל (ראש הזרוע הצבאית) בחמאס, מצליח לצאת למצרים כשהוא חומק במעבר רפיח במהירות ברכב עם חלונות אטומים. כמה חודשים מאוחר יותר, ב-8 במאי, הגיע לביקור יוסף קרדאווי, שייח אנטישמי מוצהר שנחשב לסמכות הדתית העליונה ב'אחים המוסלמים'.
אבל במקביל התחילו צרות חדשות: מצרים - בהנהגת האחים המוסלמים - המאוימת ע"י דאעש וארגוני הג'יהאד העולמי, מתחילה בפעולה כנגד המנהרות ברפיח ששימשו כציר תנועה של טרור מהרצועה לחצי האי סיני. בפברואר 2013 מתחילה מצרים בפעולות משמעותיות לפגיעה במנהרות. שר ההגנה המצרי החליט להגדיר את אזור רפיח כשטח צבאי, וצבא מצרים חפר בארות מים על מנת להציף את המנהרות, כשעל פי הדיווחים הוא הצליח להרוס כ-200 מנהרות. בחמאס מודאגים הריסת המנהרות משתי סיבות: הברחת האמל"ח לרצועה, וההשפעה על המצב הכלכלי ברצועה, שכן חמאס, שרצתה לשמר את תדמית המצור הישראלי ולא לתת לישראל את האפשרות 'להפיל' את האחריות על מצרים, נשענה על כלכלת המנהרות. הנהגת חמאס בעזה שיגרה משלחות להיפגש עם נשיא מצרים מורסי ובכירי המודיעין המצרי כדי לדון בסוגיית המנהרות, ובד בבד הדגישו בחמאס כי לא יוותרו על הזכות להצטייד באמל"ח. בנאומו של הנייה בפני סטודנטים בעזה הוא חזר כי חמאס מחוייבת "שלא לעזוב את הרובה".
המשבר הכלכלי ברצועה החריף בעקבות פעולות צבא מצרים ובעזה נוצר מחסור בחומרי בניין ובדלק. המשבר הולך ומתעצם כאשר ביולי 2013 נופל שלטון 'האחים המוסלמים' במצרים לאחר שעבד אל פתאח א-סיסי - שר ההגנה שמינה נשיא מצרים מורסי, מבצע הפיכה ומדיח את מורסי שמושלך לכלא והצבא משתלט על מצרים. ה'אחים המוסלמים', פטרונם של החמאס, הופכים לנרדפים, וחמאס הופך מבן ברית במצרים לאיום ביטחוני, כשבמצרים מייחסים לו מעורבות בניסיונות לערער את היציבות. תור הזהב של חמאס מסתיים, מעבר רפיח נסגר, השלטון החדש במצרים גם מבטל את הביקור המתוכנן של נשיא מצרים ארדואן - המשתייך ל'אחים המוסלמים' בעזה. מצרים גם מעבירה חוק האוסר על חפירת מנהרות וצבא מצרים מחליט לפנות את תושבי רפיח המצרית וליצור אזור חיץ של כ-500 מטר בסמוך לגדר הגבול עם עזה.
הפרספקטיבה שדרכה הסתכלו בישראל אחרי מבצע עמוד ענן על האיום של עזה ו/או חמאס היתה ירי הרקטות. בעוד בישראל ראו במדיניות מול הירי הרקטי מדיניות תקיפה, בחמאס ששיתפו פעולה ויצרו 'רגיעה' כנראה צחקו לעצמם תוך כדי חפירת המנהרות.
הירידה בירי הרקטות אחרי מבצע "עמוד ענן" היתה דרמטית. אחרי 3 חודשים של שקט כמעט מוחלט, ב-26 בפברואר מזוהה שיגור של ירי רקטה בודדת לעבר ישראל. ישראל בתגובה סוגרת את המעברים לרצועה למשך שבוע. כחודש לאחר מכן, ב-21 במרץ - במהלך ביקור של נשיא ארה"ב ברק אובמה בישראל - משגרים מחבלים 5 רקטות שאחת מהן נופלת בשדרות. על הירי לוקחת אחריות התארגנות שמכנה את עצמה "מועצת השורא של לוחמי הקודש". ישראל בתגובה שוב סוגרת מעברים לפרק זמן מוגבל ומצמצמת את אזור הדיג, וכשבהמשך השבוע שוב נורו רקטות, תקף חיל האוויר ב-3 באפריל בצפון הרצועה לראשונה מאז מבצע עמוד ענן. דוברי חמאס חזרו על מחויבות חמאס להסכם הרגיעה ואמרו כי חמאס פועלת לאכוף את הפסקת האש.
טפטוף הרקטות נמשך בחודש אפריל כשהתפיסה בישראל היא שהירי הוא של ארגונים סוררים, וחמאס מעוניין להפסיק אותו. הדיווחים מעזה שהושמעו גם בישראל סיפרו שחמאס פועל נגד ירי הרקטות, ומבצע מעצרים כנגד פעילי ג'יהאד עולמי וארגונים סלפיים, כמו כן דיווחו בעזה כי כי ממשל חמאס פרס כוח צבאי חדש בשם "כוח הריסון", המורכב מכמה מאות פעילים, במטרה למנוע ירי רקטות מהרצועה לעבר ישראל. על פי הדיווח כוח הריסון נועד להחליף את כוחות המשטרה של חמאס שלא הצליחו לסכל ירי רקטות ע"י גורמים סלפיים מהרצועה.
בלילה שבין 24-23 ביוני 2013, נורה מטח של 5 רקטות לעבר ישראל, הרקע - כך הסבירו - סכסוך בין הג'יהאד האסלאמי שאחראי לירי, לחמאס, בעקבות מותו של פעיל הארגון ע"י מנגוני הביטחון של חמאס. צה"ל תקף בתגובה מחסני אמל"ח וישראל סגרה את המעברים ליומיים. התקיפות של צה"ל בעקבות ירי הרקטות גררו איומים של ארגוני הטרור שהגדירו אותן כ'הפרות' של הסכם ההרגעה.
בסך הכל, השנה שלאחר מבצע עמוד ענן היתה השקטה ביותר מבחינת ירי רקטי. סך הכל אותרו 63 נפילות (לעומת 787 נפילות במהלך 2012 ו-845 נפילות בנובמבר 2012 במהלך מבצע "עמוד ענן"). הסיבה לכך היתה ללא ספק מאמץ של חמאס לשמור על הרגיעה וגם למנוע מארגונים אחרים לירות לעבר ישראל. בישראל תפסו כי מבצע עמוד ענן חיזק את ההרתעה הישראלית וכי חמאס מורתע.
ב-12 בנובמבר 2013 הגיע ראש הממשלה נתניהו לביקור באוגדת עזה לציון שנה למבצע "עמוד ענן", נתניהו התפאר בהישגים "המספרים הם חדים, יש ירידה של כ-98% בירי תלול-מסלול. אין ספק שהושגה הרתעה משמעותית", אך גם הסתייג: "איננו משלים את עצמנו, אנחנו יודעים שהחמאס וארגוני הטרור האחרים ממשיכים להתחמש בדרכים שונות, הם מנסים לפתח גם את 'התווך התת-קרקעי', כלומר המנהרות, ואנחנו נדרשים למצוא מענה לכל האיומים הללו".
לצד השקט היחסי מצד איום התלול מסלול, המשיכו נסיונות לפגוע בחיילי צה"ל על תוואי הגדר, כשמבחינת חמאס זה לא היה חלק מהסכם ה'הרגעה'. חמאס השתמש במטעני חבלה שנחשפו או התפוצו על כוחות צה"ל, בדרך כלל ללא נפגעים. ב-24 בדצמבר 2013 נהרג צאלח אבו לטיף - אזרח ישראלי שעבד בתיקון גדר הביטחון סמוך לנחל עוז מירי צלף, הזרוע הצבאית של ועדות ההתנגדות לקחה אחריות על הפיגוע. ארגוני הטרור בעזה המשיכו באימונים שיכלו להסגיר את הכוונות, כך למשל ב-3 ביוני ועדות ההתנגדות העממיות קיימה תרגיל צבאי שכולל תקיפת עמדות צה"ליות, וג'יפים של צה"ל. במפגן צבאי בסיום קורס של הזרוע הצבאית של חמאס, הדגימו פריצה לבסיס ישראלי והשתלטות עליו.
ב-14 בינואר 2013 - פחות מחודשיים לאחר סיום מבצע עמוד ענן - נחשף פיר של מנהרה התקפית ליד קיבוץ ניר עוז שבעוטף עזה. זו לא היתה המנהרה ההתקפית הראשונה שחצתה את הגבול, כבר ב-2006 נחטף גלעד שליט על ידי חוליית מחבלים שחדרה באמצעות מנהרה חוצת גדר, אבל היא בישרה תקופה שבה נחשפו עוד ועוד מנהרות שהיו חלק ממפעל המנהרות ההתקפיות שתכנן חמאס. עפ"י הערכת צה"ל המנהרה נועדה לשמש לחטיפת חייל או אזרח ישראלי.
באוקטובר 2013 חושף צה"ל מנהרה התקפית נוספת. המנהרה שנחפרה מעבסאן (ממזרח לחאן יונס) חדרה לשטח ישראל ליד קיבוץ עין השלושה ונחפרה בעומק של כ-15 מטרים מטרים מתחת לפני הקרקע ואורכה כ-2.5 ק"מ. בתוך המנהרה נבנו מסילות להובלת קרונית קטנה, ובצה"ל הבינו שהיא נועדה להחדרת חוליות מחבלים והעברת חטופים. בצה"ל ידעו להגיד שחומרי הבניין ששימשו למערה הם חומרי בנייה שישראל העבירה לעזה לשימוש אזרחי, ובעקבות חשיפת המנהרה הורה מתאם הפעולות בשטחים להפסיק בימים הקרובים את העברת חומרי בנייה לרצועת עזה דרך מעבר כרם שלום עד להערכת מצב מחודשת, זמן קצר לאחר שישראל הרחיבה את הכנסת חומרי הבנייה לעזה. שר הביטחון, בוגי יעלון, שיבח את חיילי צה"ל על החשיפה ואמר, כי החשיפה מנעה ניסיונות פיגוע באזרחים ישראליים ובחיילי צה"ל. בנוסף לכך אמר יעלון כי חשיפת המנהרה היא הוכחה נוספת שחמאס, למרות הרגיעה שמתקיימת בזכות כוח ההרתעה של צה"ל, ממשיך להכין עצמו לעימות ולפעולות טרור. למרות חשיפת המנהרה בישראל לא הבינו את התוכנית הגדולה שחמאס מכין. בראיון של אבו עוביידה הוא אישר שחמאס עומדת מאחורי חפירת המנהרה. במאמר שפורסם באתר הזרוע הצבאית של חמאס נכתב כי המנהרה מהווה הוכחה חדשה להכנות, שמבצע חמאס מתחת ומעל פני האדמה לשחרור כל האסירים הפלסטיניים הכלואים בבתי הכלא בישראל. בהודעה נאמר, כי המנהרה ממחישה גם את יכולתה של חמאס להכות את ישראל במקומות בלתי צפויים. בפיצוץ המבוקר של המנהרה התפוצץ מטען שהיה במנהרה וחמישה חיילי צה"ל נפצעו, דובר חמאס הוציא הודעה כי חיילי צה"ל נפלו ל"מארב מתוחכם" ושכל חדירה או תוקפנות של ישראל לא יעברו ללא תגובה וישנם "אלפי שהידים המוכנים למלא את חובתם".
בעיתוי מעניין, ב-31 באוקטובר 2013 עזבו חיילי צה"ל את עמדות השמירה ביישובי עוטף עזה והעבירו את האחריות על האבטחה לידי התושבים, למרות המחאות של תושבי העוטף, החלטתו של שר הביטחון משה יעלון לא השתנה. לדברי צה"ל ההחלטה "נשענת על שיקולים מבצעיים בלבד". במקביל הוצאו החיילים גם מ-9 יישובים צמודי גדר בצפון, "לא יעלה על הדעת להפקיר את יישובי הגדר ולהניח לתושבים להגן על עצמם. זו הפקרת חיים של שלום ואסור לנו לחכות לאסון הבא" תקף את ההחלטה ראש המוא"ז חוף אשקלון.
בספטמבר 2013 פותח צבא מצרים במבצע רחב היקף בחצי האי סיני, בחסות הסכמתה של ישראל לצבא מצרים להכניס כוחות צבא שנאסרו במסגרת הסכמי השלום, נתיבי ההברחה נחסמים, מעבר רפיח נפתח לפרקי זמן קצרים מאד ע"י מצרים ונסגר באופן מיידי ובחמאס מוטרדים מאד מסגירת המעבר ומחפשים דרכים להביא לפתיחתו, לבינתיים המצוקה כתוצאה מהפגיעה במנהרות הולכת ומחריפה, המחסור בדלק גרם לקשיים באספקת החשמל, יוצר גם מחסור במי שתייה בגלל העדר האפשרות להפעיל את המשאבות. חמאס מובילה לה קמפיין בינלאומי על ה'אסון ההומניטרי' ישראל מחליטה להקל ולאפשר הכנסת חומרי בנייה לסקטור הפרטי (350 בשבוע) וכן הגדלה של הדלק שנכנס לרצועה דרך מעבר כרם שלום. כדי לפתור את משבר בדלק טורקיה התחייבה לממן רכש דלק עבור מתקנים חיוניים ברצועת עזה והעבירה לצורך כך סכום כסף של 850,000$ לרשות הפלסטינית, אשר העבירה ממנו 200,000$ לרצועת עזה.
ב-4 במרץ 2014 הכריז ביהמ"ש במצרים על חמאס כארגון טרור, משמעות ההחלטה היא שיאסרו כל פעילויות חמאס במדינה וכל רכושה יחולט, הודעת חמאס גינתה את ההחלטה המצרית וטענה כי פעילות חמאס מכוונת רק כלפי "האויב הציוני" וכי היא מעולם לא התערבה בענייניה הפנימיים של מצרים. במקביל, השתלט חיל הים ב-5 במרץ על אוניית משא שהובילה אמל"ח מאיראן ונועד לרצועת עזה וסיני, בלב ים בין סודאן לאריתריאה במרחק של 1,500 קילומטרים מחופי ישראל סריקות שנערכו על הספינה אותרו 150 מכולות ובהן עשרות טילים מסוג אמ-302 מתוצרת סוריה, המסוגלים להגיע לטווח של כ-150 עד 200 קילומטרים.
בזמן שבו הדלתות במצרים נסגרו, נפתחו לחמאס מחדש הדלתות באיראן שחידשה את התמיכה (שנפגעה בעקבות הסכסוך בין חמאס לסוריה), על פי הדיווחים בהסכם סודי שנחתם בקיץ 2013 נקבע כי צינור העברת הכספים מאיראן לחמאס בעזה יעבור דרך חיזבאללה בביירות, אבל אם כסף לפעילות הצבאית של חמאס הגיע דרך איראן, חמאס התמודדה עם משבר כלכלי במישור האזרחי כפועל יוצא משינוי המשטר במצרים, דרכי הפעולה שהיא נקטה כללו הפעלת לחץ על ישראל באמצעות ההפגנות על הגדר מדי יום שישי שהלכו והתגברו במהלך החורף., בחלק מהמקרים הצליחו לעבור את הגדר כך למשל ב-28 בפברואר חצו עשרות ערבים את הגדר במזרח חאן יונס,, צה"ל בתגובה ירה להרחקת המתפרעים ופצע חלק מהם. במקרים חריגים גם נהרגו מתפרעים מירי צה"ל. בעזה סיפרו כי מנגנוני הביטחון של ממשל חמאס הציבו מחסומים ונפרסו באזור כדי לא לאפשר למפגינים להגיע לגדר הגבול עם ישראל, אבל היה ברור שההפגנות לא היו מתקיימות ללא רצון חמאס. האפיק השני היה המשך המגעים עם הרש"פ על הניהול האזרחי של הרצועה.
את התקופה הזו ניצל חמאס כדי להוציא לפועל פיגועים ביהודה ובשומרון. על פי פרסומים של השב"כ, חמאס הקימה את מפקדת הזרוע הצבאית שלה ביהודה ושומרון, שמנוהלת על ידי משוחררי עסקת שליט מעזה בראשות צאלח אלערורי שיושב בטורקיה. משוחררי עסקת שליט מובילים את המאמץ להוציא פיגועים ביהודה ושומרון בהעברת הנחיות וכספים לחוליות בשטח. לדברי השב"כ הוא סיכל 80 פיגועים מתוכננים של משוחררי עסקת שליט בשנתיים שלאחר שחרורם. עוד ועוד חוליות חמאס שתכננו פיגועים קשים שלמשוחררי עסקת שליט רכיב מרכזי בהם נחשפו ע"י השב"כ, הפיגועים נמנעו אודות לשליטה הבטחונית ביהודה ושומרון. באחד המקרים השב"כ חשף כי חולייה שתכננה לבצע פיגוע חטיפה והנחת מטענים, שהוכוונה ע"י פתחי חמאד - שר הפנים בממשל חמאס, אותו אחד שבעזה היה אחראי על אכיפת ה'הרגעה'.
בערב פסח תשע"ד, שעות ספורות לפני ליל הסדר, נרצח בפיגוע ירי סמוך למעבר תרקומיא ברוך מזרחי הי"ד. מזרחי, קצין משטרה שהיה בנסיעה משפחתית יחד עם אשתו (שנפצעה קשה והצליחה להשתלט על הגה הרכב ולהציל את ילדיה) וילדיו (שנפצעו קל), היה הקורבן הראשון של עסקת שליט. זאיד עוואד - ששוחרר שנתיים וחצי קודם בעסקת שליט, התקרב באופן רגלי אל הכביש וירה על הרכב מטווח של מטרים בודדים.
במקביל למאמץ להוציא פיגועים ביו"ש, השקיע חמאס מאמץ רב בהבערת ירושלים, ובפרט הר הבית שהפך למעוז החמאס בירושלים, בשיתוף פעולה עם הפלג הצפוני של התנועה האסלאמית ששימש למעשה כשלוחת חמאס אצל הערבים אזרחי מדינת ישראל. כך החלו פעילי חמאס בירושלים להוביל התפרעויות בהר הבית, שהתפרצו בחג הפסח תשע"ד. בהר הונפו דגלי חמאס עם קריאות "ברוח ובדם נפדה את אלקאצא", ה"צעירים הפלסטינים", כפי שכונו בכלי התקשורת, התבצרו במסגד אל אקצא בדרום הר הבית, ויידו משם אבנים ובקבוקי תבערה על כוחות המשטרה. השר לביטחון פנים יצחק אהרונוביץ אסר על המשטרה להיכנס לתוך המסגד, וההר נסגר לעליית יהודים. למרבה הצער, לא רק במשטרה, אלא גם בדרג המדיני לא הבינו, או לא רצו להבין, שהשתלטות חמאס על הר הבית היא רק חלק ממהלך גדול, והעדיפו לקנות שקט באמצעות סגירת ההר ליהודים וריצוי המתפרעים - שכמובן לא התרצו. משה פייגלין כתב על האירוע: "בחמשת הימים האחרונים הר הבית נכבש למעשה לא על ידי הצבא הירדני, אלא על ידי פלוגה של החמאס. כשלון המשטרה בהר הבית, הוא למעשה כשלון הדרג המדיני בשמירה על ליבה של ירושלים. המשך גרירת הרגלים תביא לכך שממשלת ישראל והעומד בראשה יזכרו בתולדות ישראל כמי שהפקירו את הר הבית לשלטון החמאס".
במאי 2014 מפרסם השב"כ כי חקירתו של חסן טועמה - חבר הלשכה המדינית של חמאס שנעצר במעבר אלנבי חשפה כיצד משתמש חמאס בתנועה האסלאמית בישראל כצינור למימון פרויקטים בירושלים, ותפעול ההתפרעויות בהר הבית, כשחמאס מממנת באמצעות התנועה האסלאמית משכורות של כ-5,000-4,000 שקלים בחודש לפעילים שישהו בהר הבית באופן קבוע.
המאמץ של חמאס להבעיר את יהודה ושומרון מגיע במקביל להתפתחויות במשא ומתן בין ישראל לרשות הפלסטינית. ב-13 באפריל 2013 מתפטר ראש הממשלה הפלסטיני סלאם פיאד, שהוביל את התוכנית הקרויה על שמו "תוכנית סלאם פיאד" להקמת מדינה פלסטינית דה-פקטו, שאמנם הצליחה להביא לשינוי משמעותי בשטח אך לא לממש את יעדיה. במקומו התמנה ראמי חמדאללה. בלחץ אמריקאי מתחילות ב-29 ביולי 2013 שיחות מו"מ נוספות, ישירות. כמחווה לקראת המו"מ מתחייבת ישראל לשחרר 104 מחבלים. הפעימה הראשונה של שחרור המחבלים ב-11 באוגוסט 2013 ובה משוחררים 26 מחבלים - רובם עם דם על הידיים, שנעצרו לפני הסכמי אוסלו. בסך הכל משוחררים ב-3 פעימות 78 מחבלים (26 בכל פעימה), שיחות המשא ומתן התפוצצו באפריל 2014 והפעימה הרביעית של שחרור המחבלים לא יצאה לפועל.
ב-13 בינואר התקיימה הלוויתו של אריאל שרון שמת לאחר כ-7 שנים בהם שכב "צמח" בחוות השקמים. זמן קצר לאחר תום ההלוויה ועזיבת ראשי המדינה נורו שתי רקטות שנפלו סמוך לגדר במרחק 6 ק"מ ממקום ההלוויה. בשבוע שלאחר מכן התגבר ירי הרקטות, ובחודש ינואר כבר נורו 16 רקטות לעבר הדרום. בנוסף נורו שתי רקטות לעבר העיר אילת על ידי ארגון הטרור אנאצר בית אלמקדס הפועל בחצי האי סיני. בתגובה לירי הרקטות תקף חיל האוויר מספר פעמים מטרות ברצועת עזה: אתרים לאחסון אמל"ח ומוצבים של הזרוע הצבאית של חמאס - ללא נפגעים, וכן חוסלו חוליות שיגור שאחראית לירי רקטות.
העליה בירי הרקטות נמשכה (בשבוע הראשון של פברואר נורתה רקטה בממוצע כל יומיים), אך למרות זאת בחמאס שידרו שוב ושוב כי הם מעוניינים בהרגעה, וכי הם פועלים לאכוף אותה. בכיר החמאס מחמוד א-זאהר אף צוטט מסביר שברור לישראל שחמאס שולט במצב וללא חמאס האלטרנטיבה היתה אנרכיה, שתביא את ארגוני הג'יהאד העולמי לפתחה. באסם נעים אמר לוושינגטון פוסט שחמאס עושה מאמץ גדול לשמור על ההרגעה, ומאות אנשי משטרה מנסים למנוע את ירי הרקטות. בעזה פרסמו מכתב של פתחי חמאד, שר הפנים בחמאס, ובו הוראות למפקד הביטחון הכללי לאכוף את מדיניות הריסון. "על-פי המסמך יש לפעול לאכיפת הסדר באזורים מהם מתבצע ירי רקטות ולפקח ולעצור את כל מי, שמבצע ירי רקטות גם אם הדבר מצריך שימוש בירי באש חיה".
ב-11 במרץ 2014 התחיל ה'סבב' הראשון לאחר 'עמוד ענן'. זה התחיל בירי פצצות מרגמה ע"י חוליה של הג'האד האסלאמי לעבר כוח צה"ל שפעל על יד הגדר. צה"ל תקף את החולייה וחיסל שלושה. למחרת הגיב הג'יהאד האסלאמי בירי רקטות מסיבי. סה"כ במשך יומיים נפלו בשטח ישראל למעלה משמונים רקטות ופצצות מרגמה (יותר מאשר כל הנפילות שהיו מאז מבצע עמוד ענן ועד תחילת הסבב). חיל האוויר תקף לדבריו 29 יעדים ברצועה. "כשלא יהיה שקט בדרום, גם ברצועת עזה לא יהיה שקט, באופן כזה שיגרום למחבלי הג'יהאד האיסלאמי להתחרט על הירי שביצעו" הצהיר שר הביטחון יעלון.
הסבב הסתיים ב'חזרה לרגיעה' בעקבות מו"מ בין מצרים לג'יהאד האיסלאמי מעל הראש של חמאס, ובישראל שוב העריכו כי גם הג'יאהד האסלאמי, שגילה עצמאות וניצל את החולשה של חמאס, "אינו חותר להסלמה למרות הרטורקיה המתלהמת", אלא רק "מנסה לקבוע כללי משחק נוקשים יותר מול ישראל". בשעות שלאחר ההכרזה על "הפסקת האש" נורו עוד 18 רקטות לעבר הדרום, ו"גורם ביטחוני" צוטט בוואלה אומר שארגוני הטרור "הרימו דגל לבן וביקשו להגיע להרגעה עם ישראל, גם בכלי התקשורת. המסר שהועבר לרצועת עזה הוא ששקט ייענה בשקט". "אנחנו מעריכים שזה נעשה באישור חמאס, אך בטוחים שחמאס היה מופתע מהיקף שיגור הרקטות והעוצמה ופעל מהר מאד להרגעת הרוחות".
ב-21 במרץ חשף צה"ל מנהרה נוספת (רביעית) שחדרה לשטח ישראל. המנהרה באורך של 1,800 ק"מ נחשפה כ-300 מטר מזרחית לגבול, על יד קיבוץ עין השלושה שבעוטף עזה. "המנהרה איכותית, ונראית כזו שהשקיעו בה המון חשיבה. מנהרה כזו חופרים לפיגוע איכותי - זה יכול להיות חטיפה, וזה יכול להיות פיגוע משמעותי אחר", צוטט 'קצין בכיר' בעיתון הארץ. צה"ל הסביר כי המנהרה נועדה ל"פיגוע מדף" אסטרטגי שהכין חמאס ליום פקודה. הוא הסביר כי מדובר במאמץ ארוך טווח של חמאס שנועד להניב פירות מבצעיים בעיתוי ההולם, שהנהגת הארגון ברצועה תחליט עליו. במסיבת עיתונאים מיוחדת של חמאס בתגובה להודעת צה"ל טען אבו עוביידה כי זו לא מנהרה חדשה. "על ישראל לא לשמוח יותר מדי מהר על הישגיה הביטחוניים לכאורה כי השלכות פעולותיה נגד בני עמנו, אסירינו ואדמתנו יהיו קשות ויגבו ממנה מחיר כבד".
למרות ה'רגיעה', הרטוריקה של חמאס כמובן לא השתנתה - בנאום שנתן מנהיג חמאס חאלד משעל במלזיה (דצמבר 2013) הוא דיבר בשבח דרך "ההתנגדות", כשהוא טוען כי הישגי עופרת יצוקה ועמוד ענן מוכיחים "כי הפיתרון לסוגיה הפלסטינית איננו שלום או משא ומתן, שכן אם משווים בין תוצאות "ההתנגדות" לתוצאות המשא ומתן ניתן לראות בבירור כי "ההתנגדות" הביאה לשחרור עזה, שחרור אסירים במסגרת עסקת שליט, שחרור דרום לבנון ועוד". בהודעות של מנהיגי חמאס מעזה פורסמו דברי שבח וברכה לפיגועים שביצעו מחבלים ביו"ש ובשטח ישראל.
בעצרת לציון יום השנה העשירי לחיסול מייסד החמאס אחמד יאסין (23 במרץ), בעיצומה של ה'הרגעה', נשא מנהיג חמאס בעזה הנייה נאום שבו גינה את המשא ומתן של הרשות הפלסטינית עם ישראל, וקרא לכיבושה מחדש של ירושלים. "מות קדושים ו"ההתנגדות" (קרי, הטרור) הם הדרכים לשחרור אדמת פלסטין ולהחזרת ירושלים ואלאקצא".
תרגיל שקיימו מנגנוני "הביטחון הלאומי" של חמאס בטקס הסיום של קורס הקצינים תחת השם "החירות לאסירים", יכול היה גם הוא להסגיר את הכוונות שמאחורי ה"רגיעה". בטקס הסיום שבו צפה פתחי חאמד - שר הפנים של חמאס, ומי שהיה אחראי על "כוח הריסון", תרגלו הבוגרים הסתערות - מתוך הפגנה של אזרחים על הגדר - על עמדת צה"ל וחטיפת חייל. הסרטון גם פורסם באתר הרשמי של משרד הפנים של חמאס.
ב-23 באפריל 2014 הודיעו נציגי החמאס והפת"ח על חתימת הסכם פיוס. על ההסכם, שנחתם במצרים, כשברקע מצב כלכלי קשה ברצועה ועוינות מצד הממשל המצרי החדש, חתמו עזאם אל אחמד מטעם פת"ח וסלאח אלערורי מטעם חמאס. לאחר הפרסום על חתימת ההסכם הכריז ראש ממשלת חמאס איסמעיל הנייה: "אני שמח להכריז על סופה של תקופת הפיצול הפנים-הפלסטיני.
עפ"י ההודעה שפורסמה, ההסכם - שהתבסס על הסיכומים בין חאלד משעל לאבו מאזן שלוש שנים קודם, קבע כי אבו מאזן יקים ממשלת אחדות של "טכנוקרטים" בתוך 5 שבועות, והיא תכשיר את הקרקע לבחירות שיתקיימו חצי שנה לאחר הקמת הממשלה. מה שלא פורסם הוא מה יהיה עתיד מנגוני הביטחון של חמאס עפ"י ההסכם ומי ישלוט במעברים, אך בחמאס הבהירו כי הזרוע הצבאית תמשיך להתקיים וההסכם לא ישפיע על המאבק המזויין של חמאס בישראל.
בישראל תקפו את הסכם הפיוס שנתפס כנותן לגיטימציה לחמאס. "אי-אפשר לעשות שלום גם עם ישראל וגם עם החמאס, ארגון טרור שקורא להשמדת ישראל. חתימה על הסכם לממשלת אחדות של הפתח והחמאס היא חתימה על סיומו של המו״מ בין ישראל לרשות הפלסטינית", אמר שר החוץ ליברמן. גם ציפי לבני אמרה כי הסכם הפיוס "פוגע במאמצי השלום ובסיכוי שנוצר רק לאחרונה". זהבה גלאון לעומת זאת עודדה את ההסכם: "כל פיוס בין הגדה לעזה הוא חיוני, כל עוד ההסכם בין אבו מאזן לישראל מחייב גם את חמאס".
העיתונאי ברק רביד תקף ב"הארץ" את עמדת הממשלה: "ישראל צריכה לראות בהסכם הפיוס הפלסטיני הזדמנות ולא איום", כתב רביד. "הסכם הפיוס הוא הזדמנות, כי אולי המצוקה העמוקה שבה שרוי חמאס תחייב את הארגון לשנות כיוון, כפי שקרה ליאסר ערפאת ואש"ף אחרי מלחמת המפרץ". רביד גם סיפק ספקולציה פוליטית: "לאור מצבו הרעוע של חמאס בדעת הקהל הפלסטינית, במיוחד ברצועת עזה, בחירות יביאו לירידה בכוחו הפוליטי".
למחרת התפרסמה החלטת הקבינט בישראל להשעות את המשא ומתן עם הרש"פ. בהודעת הקבינט נאמר כי ישראל לא תישא ותיתן עם ממשלה פלסטינית הנתמכת ע"י חמאס. בחמאס קיוו כי הסכם הפיוס יביא גם לשיפור ביחסי חמאס-מצרים, ויסייע לפתיחת מעבר רפיח וממילא לשיפור המצב הכלכלי, אך בכירי חמאס הבהירו שוב ושוב כי מבחינתם הזרוע הצבאית של התנועה לא תפורק ותישאר בשליטת חמאס. הנייה ומחמוד א זהאר גם הדגישו כי הם לא ויתרו על דרך "ההתנגדות". בינתיים מצרים אפשרה פתיחה לפרקי זמן קצרים של המעבר, וכן הכנסת חומרי בנייה לפרוייקטים של ממשלת קטאר.
"ממשלת ההסכמה הלאומית" בראשות ראמי חמדאללה הושבעה בתחילת יוני 2014. עפ"י ההסכם בין פת"ח לחמאס הממשלה החדשה לא תעסוק בנושא התיאום הביטחוני, או במשא ומתן המדיני - תחומי אחריות שיישארו בידיו של אבו מאזן. בממשלה החדשה היו 5 שרים מרצועת עזה, משרדי השלטון בעזה שהיו תחת שלטון חמאס היו צריכים לעבור לרשות ממשלת ההסכמה הלאומית עפ"י ההסכם, אך זו טענה כי היא מתקשה לקבל את האחריות עליהם. כמו כן נוצר מתח סביב שאלת המשכורות לעובדים הרבים שמונו ע"י ממשל חמאס. עשרה ימים לאחר מכן נטרפו הקלפים בחטיפת שלושת הנערים.
ב-12 ביוני נחטפו שלושת הנערים: גיל-עד שער ויעקב פרנקל הי"ד מישיבת מקור חיים בכפר עציון, יחד עם אייל יפרח הי"ד מישיבת שבי חברון, בזמן שהמתינו לטרמפ בצומת אלון שבות שבגוש עציון. גיל-עד הספיק להתקשר למשטרה וללחוש "חטפו אותי", אבל במשטרה חשבו שזו הטרדה. השלושה נרצחו ברכב ע"י החוטפים שקברו אותם ליד חלחול. פעולות החיפוש התחילו בפועל רק לאחר כ-8 שעות, ונמשכו 18 יום עד מציאת הגופות. בראיון שבו נשאל מנהיג חמאס חאלד משעל האם חמאס עומדת מאחורי החטיפה, הוא השיב כי אינו יכול להשיב לשאלה מאחר ואין בידי התנועה מידע על מה שקרה, ועל כן אין הוא יכול לאשר או להכחיש. יחד עם זאת ציין, כי אם נכון הדבר, שארגון פלסטיני ביצע זאת, אזי "תבורכנה ידיו". רק בחודש אוגוסט הודיע סלאח ערורי כי הזרוע הצבאית של חמאס היא שביצעה את החטיפה.
בעקבות החטיפה יצא צה"ל במקביל לחיפושים למבצע "שובו אחים", שנועד לפגוע בתשתיות חמאס ביו"ש - תשתיות ששוקמו ע"י משוחררי עסקת שליט. במסגרת המבצע נעצרו כ-400 מחבלים, ובהם בכירי חמאס וחברי הפרלמנט מטעם חמאס, ובהם עזיז דוויק - יו"ר הפרלמנט מטעם חמאס. במבצע נחשפו מצבורי אמל"ח, וכן עשרות מנהרות תת-קרקעיות באזור חברון, שצה"ל לא ידע על קיומן קודם. ביוזמה בכנסת שהובילה ח"כ אורית סטרוק נעצרו כ-50 ממשוחררי עסקת שליט (אלו שלא גורשו לעזה או לטורקיה) שחזרו לפעילות בחמאס. "התשובה הטובה ביותר לחטיפה - כך מבהירה ישראל לחוטפים ולתומכיהם, שחטיפת ישראלים לא תביא לשחרור מחבלים, אלא אדרבא, תכניס הרבה יותר מחבלים לכלא", כתבה על הצעד אורית סטרוק. "חמאס ביהודה ושומרון ישלם מחיר כבד מאוד בעקבות החטיפה", הבטיח יעלון. אלוף פיקוד המרכז ניצן אלון אמר על המבצע "ראשי חמאס כבר מרגישים היטב את הפגיעה ומבינים את המסר". "הם ייצאו מהפעילות הזאת כשהם נחלשים ברמה המבצעית והאסטרטגית. נמשיך ונעמיק את הפגיעה ככל שיידרש".
במקביל לחיפושים ולפעילות צה"ל כנגד חמאס ביהודה ושומרון, החלה עלייה מכוונת בירי הרקטות מעזה. צה"ל תקף כרגיל בתגובה "יעדי טרור" שכללו סיכול של חוליות שיגור, מוצבים של הזרוע הצבאית של חמאס, אתרים לייצור אמל"ח ומשגרי רקטות. בסך הכל ב-18 הימים של החיפושים אחרי הנערים אותרו נפילות של 52 רקטות בשטח ישראל, כשלמעשה חמאס מצטרף לירי, בחתימה גלויה לראשונה מאז מבצע עמוד ענן.
