במהלך השנים האחרונות, הפך נחל סער ל'חצר אחורית' עם התרחבות שטחי הבינוי והחקלאות, שנגסו בגדותיו ופגעו בנוף הקניון הטבעי. ערימות אשפה ופסולת בניין נזרקו בתוואי הנחל וגרמו להרס הנוף הטבעי ושינוי צביון הנחל. במימון מלא של המשרד להגנת הסביבה, מתכננים ברשות הכינרת באמצעות אגף ניקוז, יחד עם מועצה מקומית מסעדה, פרויקט נרחב לשיקום הנחל בהשקעה של 3.5 מיליון שקלים.
במרוצת השנים, בשל חוסר טיפול, נוצר בנחל זיהום אורגני, זליגת חומרי ריסוס, מצבורי פסולת, מקטעים סתומים בערוץ, חתך תעלתי וזרימת מים דלה ולא רציפה, פגעו ביציבות המערכת האקולוגית. בתכנית השיקום, מתכוונים ברשות הכינרת ליצור שינוי משמעותי בנוף הנחל ואף לגרום לקהילה לשמירה על ניקיונו, תוך העצמת הפוטנציאל התיירותי והכלכלי של האזור. על פי התוכנית, העבודות יכללו שיקום אקולוגי של הנחל וסביבתו, מחזור ניקוי ופינוי פסולת, הסדרת ניקוז, פיתוח נופי והקמת מערך טיול ושהייה בסביבות הנחל, הסדרת ניקוז ומניעת הצפות, פעולות למניעת השלכה חוזרת של פסולת לנחל ופיתוח תכנית חינוכית נלווית המתמקדת בשמירה על הנחל וניקיונו.
רן מולכו מהנדס ברשות הכינרת מציין, כי הצטברות הפסולת בנחל פוגעת בתפקודו כאפיק זרימה, מהווה מפגע חזותי ותברואתי ופוגעת בבית הגידול של הנחל. לדבריו, הפסולת בנחל גורמת לחסימת התוואי והפרעה לנתיב הזרימה והגדלת פשט הזרימה השיטפונות ובכך גדל הסיכון להצפות או לפגיעה בתשתיות. עוד הסביר מולכו כי "בפן האקולוגי, זרימת מי הנחל דרך הפסולת, עלולה לגרום לזליגת חומרים מזהמים אל תוך מי הנחל ולהתפשטות זיהום במורד, תוך כדי פגיעה בבתי גידול ובאקולוגיה המקומית. פסולת בניין ועפר מהווים וקטור להפצה של זרעים ומינים שאינם מקומיים ועלולים לכלול בסבירות גבוהה, מינים מתפרצים ומינים פולשים המשנים את בית הגידול הטבעי. הפסולת מהווה מטרד ועלולה לייצר מפגעי ריח והופכת הנחל ל"חצר אחורית", בלתי נעימה ובלתי מזמינה ומרחיקה את אוכלוסיית המטיילים מהנחל".
הפרויקט יקדם מחזור ושימוש מרבי בפסולת הבניין ועודפי העפר שהושלכו לשיקומו של הנחל ופיתוחו הנופי והתיירותי, זאת על ידי ניצול הפסולת והפיכתה לחומר גלם, המחליף את החומר בתהליכי פיתוח אלו. במסגרת התוכנית, יתבצע איסוף של הפסולת לאורך התוואי וריכוזו באתר מרכזי, שם תעבור הפסולת מיון למקטעים. במטרה לסלק את מפגעי הפסולת, לנקות את הנחל ומחזור מקומי מקסימלי של הפסולת.
ברשות הכינרת ציינו כי "המטרה הינה שחרור מים מעין סער ועין משרפה לערוץ נחל סער ולמסילים, בספיקות שיאפשרו זרימת מים במשך כל השנה. כמו כן, לאתר מקורות זיהום ולבצע טיפול למניעת זיהום. בנוסף, במסגרת הפרויקט, יבוצע שיקום צמחי לבתי הגידול הלח, שיקום הפגיעה בגדות הנחל ועוד".
