הרב יצחק גינזבורג, שלח מכתב לרב יוסף ולרב ליאור, בו פירט מדוע בחר להיחקר במשטרה על ההסכמה שנתן, וכיצד השתלשלו האירועים. "אין צורך להכביר מילים על עזות המצח והחוצפה שיש בהתערבות המשטרה ומערכת המשפט בלימוד התורה בבית המדרש. עם זאת, למען השלום וכדי להסיר כל טענה ולעז, וגם מתוך רצון לקרב לתורתנו הקדושה את היהודים התמימים ששוטפים את מוחם, החלטתי להיענות להזמנה לחקירה ולהסביר בטוב טעם ובפשטות במה דברים אמורים" כותב הרב גינזבורג.
הרב ציין כי החוקרים ביקשו ממנו, כדבריהם, "הסבר מניח את הדעת לאמור בספר, וכי די בכך כדי להפסיק את הרדיפה אחרי המחברים". הרב גינזבורג השיב להם כי ספר תורת המלך עוסק בענייני סברא ובהלכה, אך אין בו התייחסות לשאלות של "הלכה למעשה".
"משמעות הספר", המשיך הרב גינזבורג ואמר לחוקריו, "שצריך לשמור על חיי חילי ישראל על פי המוסר וההדרכה של תורת ישראל, ולא על פי מוסר מעוות. הכוונה הפשוטה היא שכאשר האויב משתמש כמגן אנושי גם באזרחים שאינם מעורבים בלחימה, והפגיעה בהם נדרשת כדי לפגוע באויב ולשמור על חיי החיילים היהודים – יש לנהוג כך, ולא לסכן לחנם את חיי החיילים". "הסבר פשוט ומתבקש זה התקבל על דעת החוקרים", הוסיף הרב גינזבורג.
הרב גינזבורג מציין כי ראה את עצמו כמי שדובר בשם כל הרבנים שהסכימו על הספר, וקיווה שבכך יחסוך את ההתייצבות לחקירה מהרבנים החשובים, והוא מסיים את מכתבו "אם למרות מחוה זו מצדנו, להסביר בנועם ובטוב טעם את דברי תורתנו הקדושה, ממשיכה רדיפת התורה, אין לנו אלא להבין שלא מדובר ב'חוסר הבנה' אלא ברדיפה מתוכננת היטב, ונראה לנו שלא ראוי להמשיך ולשתף פעולה עם רדיפה זו".
