לקראת אישור תכניות הבנייה של מתחם האתר הארכיאולוגי בשילה, אמרו בוועדת ההתנגדויות שהתקיימה במועצה העליונה לתכנון באוגדת יהודה ושומרון במנהל האזרחי, כי יש לאפשר כניסת ערבים לאתר והדבר נקבע על ידי המועצה העליונה לתכנון.
הנהלת האתר בשיתוף המועצה האזורית בנימין, מקדמת בשנים האחרונות תוכנית בנייה ופיתוחסביב התל הארכיאולוגי, שכוללת פיתוח השטחים הארכיאולוגיים, הקמת אמפיתיאטרון, הקמת בית מלון ובו 60 חדרים, חניון גדול, מרכז מסחרי, גלריות ועוד.
לוועדת ההתנגדויות לתכנית, הגישו ערבים המתגוררים בסמוך לתל הארכיאולוגי התנגדות בטענה שהתכנית תפגע בקרקועתיהם. גם ארגון השמאל הקיצוני "עמק שווה"טען לפגיעה לא נחוצה בשכבות ארכיאולוגיות, אך המועצה דחתה את רוב ההתנגדויות.