בקיץ תשס"ה, ככל שהתברר כי שרון, שרמס את משאל מתפקדי הליכוד, פיטר שרים, והחליף הלכה למעשה את הרכב הממשלה, נחוש להעביר את תוכנית ההתנתקות גם ללא לגיטימציה ציבורית, וכי הממשלה החדשה אינה מעוניינת בשום אופן במשאל עם על תוכנית הגירוש, המשקל של מחאת מתנגדי ההתנתקות עבר מההפגנות והלחץ הפוליטי בכנסת ובממשלה אל השטח. המאמץ הרב שהשקיעו פעילי הימין בשכנוע והסברה ובמעבר מבית אל בית במבצע "פנים אל פנים" כדי להזהיר מתוצאות ההתנתקות היה לריק, לדעת הקהל לא היתה כל משמעות עבור שרון.
הזרם המרכזי של מתנגדי ההתנתקות שאותו הנהיגה מועצת יש"ע היה ממלכתי לאורך כל הדרך, הוא ראה את הדרך למאבק בתוכנית ההתנתקות בפעולות מחאה, והקפיד למתג את המאבק כרחוק מחיכוך ואלימות. הסיסמאות שהובילו את הקמפיין היו "יש לנו אהבה והיא תנצח", "מתנתקים מהעקירה, מתחברים לשורשים", לצד קמפיין ביטחוני שהזהיר - ובצדק - "ההתנתקות תתפוצץ לנו בפנים". המאבק מותג בצבע כתום, ופעילים מטעם מועצת יש"ע חילקו מתוצרת גוש קטיף. בתקשורת פעל מפעל דמוניזציה חסר תקדים שצבע את הכתום בשחור.
אל מול זה, הברית הלא קדושה בין אריאל שרון לבין התקשורת, שהייתה מאז ומעולם שטופה בשנאת מתנחלים, הפכה למפעל דמוניזציה שלא היה כמוהו: התקשורת, שבעידן של טרום הרשתות החברתיות נהנתה ממונופול על עיצוב השיח הציבורי, עסקה בהשחרה יומיומית של מתנגדי ההתנתקות, הציגה תרחישי אימים שהוביל השב"כ וכותרות שהבטיחו דם ואש. כך בידיעות אחרונות למשל פורסמה סדרת כתבות בשם "המבוקשים", שעסקה בדמויות שלכאורה הוגדרו ע"י השב"כ והמשטרה כמסוכנים ואף נכתב שנשקל להכניס אותם למעצר מנהלי. ראש השב"כ הזהיר שמתנחלים ישתמשו בנשק נגד חיילים, והרמטכ"ל חלוץ איים שחיילי צה"ל לא יהססו לפתוח באש. לימים הודה אורי בר לב, שהיה מפקד המחוז הדרומי ומי שהיה אחראי על משימת ההתנתקות במשטרה: "הייתי מפקד ההתנתקות – רמת האלימות שם, בניגוד למה שאמרו בתקשורת, הייתה הכי נמוכה שיכולה להיות".
מפעל הדמוניזציה, שחלק ניכר ממנו היה הדחקה של כל טיעון ענייני על השלכות ההתנתקות, שהפכה ממהלך מדיני למסע נקמה ו"לימוד לקח" של המתנחלים, הצליח במידה רבה. ביטוי להלך הנפש הזה היה ניתן למצוא במאמר שתכתוב סימה קדמון בידיעות אחרונות בעיצומה של ההתנתקות, שמחיש עד כמה נתפסה ההתנתקות כמסע צלב נגד המתנחלים: "נגמרו לנו הדמעות. במשך 38 שנים כופף עצמו כמחצית מהציבור הישראלי לתנאים שלכם. עכשיו הגיעו השנים שלנו". כשזו הייתה האווירה, אין פלא שלא התקיים אף דיון ענייני על ההשלכות הביטחוניות של המהלך המטורף. "זה מעולם לא היה קשור לפלסטינים, לדמוגרפיה, לשאיפה להסדר שלום, או לכל אחד מן ההסברים שניתנו לנו. המניע היה אחר לגמרי. הפרת האיזון העדין בין חברת המתנחלים לבין החברה הישראלית. הוחלט ללמדם שיעור בצניעות, ואולי גם בדמוקרטיה." כתב יאיר לפיד.
מנגד אצל מתנגדי ההתנתקות שררה נאיביות ואמונה כי לא יתכן שהנורא מכל אכן לא יקרה. הם נאחזו בקריאה של הרב מרדכי אליהו "היה לא תהיה", ארגנו עצרות תפילה, והגיעו לגוש קטיף כאורחים או כשוהים בלתי חוקיים מתוך תקווה שהממשלה או המדינה תתעשת רגע לפני. ימים ספורים לפני גירוש היישובים הם עוד המשיכו לשתול ולנטוע בחממות שיהפכו זמן קצר לאחר מכן למחנות אימונים לארגוני הטרור.
מול הזרם המרכזי של מועצת יש"ע פעלו קבוצות שרצו מאבק יותר נחוש מול התוכנית המסוכנת. תנועה מרכזית היתה "הבית הלאומי", תנועה מבית זהות יהודית של משה פייגלין, שהובילה חסימות כבישים וקראה לשיתוק המדינה כדי לשבש את ביצוע הגירוש, מתוך הבנה של גודל הסכנה ששרון מוביל אליה בעקבות מצוקתו האישית. את המטה הובילו שי מלכה ואריאל ונגרובר. ב-16 במאי, 3 חודשים לפני מועד ההתנתקות, נקבע "ניסוי כלים" שעל פי המארגנים נועד כתרגול ואולי כמפגן כוח לקראת "יום פקודה" - שיבוש המדינה כאשר הגירוש יצא אל הפועל.
"ניסוי הכלים" הצליח לא רע: מאות פעילי ימין נענו לקריאה וכבישים רבים ברחבי הארץ נחסמו, מנגד התגובה של המשטרה היתה אגרסיבית במיוחד - וכזו שכיום - לאחר שראינו את תגובת המשטרה לשיבוש המדינה ע"י מחאת השמאל נגד הרפורמה המשפטית, גם בלתי נתפסת. כמעט 300 מפגינים נעצרו ביום חסימות אחד, והועברו לאגף מיוחד שהוכשר ע"י שירות בתי הסוהר עבור מתנגדי ההתנתקות בכלא מעשיהו. בתוך יומיים הוגשו 170 (!) כתבי אישום על חסימות כבישים, ולפי הדיווח במשטרה עבדו על למעלה מ-100 כתבי אישום נוספים. נגד מי שנתפס מבעיר צמיגים הגישה הפרקליטות כתב אישום על לא פחות מ"סיכון חיי אדם בנתיב תחבורה מרכזי" - סעיף שנועד עבור מי שמסכן חיים ולא עבור מי שמבצע מחאה. על ההמצאה היה חתום לא אחר מאשר היועץ המשפטי לממשלה מני מזוז, כשמערכת אכיפת החוק ובראשה הפרקליטות הייתה מגויסת באופן מלא לרמיסת כל הזכויות של מתנגדי ההתנתקות, תוך כיפוף כללי סדר הדין והכליאה, פגיעה בחופש המחאה, ופסיקה תקדימית.
הטקסטים של נציגי מערכת המשפט נשמעים דמיוניים ב-2024, אחרי שנה של השתוללות השמאל בחסימות כבישים, ואפס כתבי אישום. "לא תהיה שום הבנה וסבלנות לתופעות אלימות כגון חסימת כבישים וצמתים, וכנגד עבירות אלו יופעל המשפט הפלילי בלי שום הנחות" אמר היועץ המשפטי לממשלה מני מזוז, שדעותיו הפוליטיות נמצאות בשמאל הקיצוני העמוק. מזוז גם ציין ש"המערכת השיפוטית שותפה לגישה שיש להתייחס בחומרה לעבירות אלה, ונענתה לבקשות מעצר עד תום ההליכים". "מזוז", דיווח אז "ידיעות אחרונות", "הורה להחמיר את הענישה נגד מתנגדי ההתנתקות שיחסמו צירי תנועה. במקרים שבהם תיגרם הפרעה משמעותית לתנועה יוגשו כתבי אישום מחמירים כנגד מפירי הסדר, והם יואשמו בסעיף 'סיכון חיי אדם בנתיב תחבורה' שהעונש המרבי עליו הוא 20 שנות מאסר". מי שהוביל את מדיניות האכיפה הסלקטיבית היה המשנה לפרקליט המדינה דאז שי ניצן שגם עמד בראש צוות מיוחד לאכיפת חוק נגד מתנחלים בפרקליטות.
המשטרה ביצעה גם מעצרי מנע. בפשיטה שעשתה על משרדי "הבית הלאומי" שי מלכה ואריאל ונגרובר, מארגני חסימות הכבישים, נעצרו על כך "שבכוונתם להמשיך לפעול על מנת שחסימות כבישים ימשיכו להתרחש בעתיד הקרוב". הפרקליטות הגישה נגדם כתב אישום על "המרדה" והם קיבלו מעצר עד לתום ההליכים. מדהים לקרוא את מה שכתב אז יאיר לפיד, שכיו"ר האופיזיציה גיבה חסימות כבישים במחאה נגד רפורמה המשפטית. לפיד פרסם בידיעות אחרונות מאמר הסתה קצר שכותרתו "מישהו ימות" כשהוא מאשים את חוסמי הכבישים שיובילו למוות של נוסעים.
צריך גם לצטט את השופט חאלד כבוב, לימים שופט בימ"ש העליון, שהאריך מעצר עד לתום ההליכים ל-3 פעילים מבוגרים שנעצרו על הבערת צמיגים בכביש: "אין מערכת אכיפת חוק יכולה להרשות לעצמה פריבילגיה שכזו, של שחרור נאשמים ממעצר, תוך העמדת כלל הציבור בסכנה נוספת של חזרה על מעשים דומים, מצד נאשמים שמעידים על עצמם שנכונים הם לעשות כל מעשה, תוך סיכון חיי חפים מפשע, רק כדי להשיג את מטרתם האידיאולוגית, שחותרת תחת אותו משטר דמוקרטי".
גם ראש הממשלה שרון הסית כנגד המפגינים כשהוא קורא להם "כנופיות": "לא ניתן לחבורת כנופיות לדרדר את המדינה". אך למרות האכיפה הברוטלית, המאבק הנחוש לא נעצר. חסימת כבישים נוספת נערכה ב-28 ביוני - ושוב נעצרו למעלה מ-130 מפגינים. ב-14 ביולי עצר השב"כ 5 צעירים - בהם בצלאל סמוטריץ' - כיום שר האוצר, בחשד שארגנו את חסימות הכבישים: הם נחקרו על לא פחות מ"קשירת קשר לסיכון חיי אדם בנתיב תחבורה ציבורי", נזק לתשתיות ואפילו על חברות בהתאגדות אסורה. בתי הכלא התמלאו בפעילים - אנשים מן השורה, נערים מצויינים ומבוגרים בעלי מקצועות שונים, ופעילים רבים הכינו את עצמם לקראת 'יום פקודה' לבוא ולהיכנס לגוש קטיף למרות המחסומים ולמנוע בגופם את הגירוש המטורף.
ב-13 ביולי חתם שרון על הצו לסגירת גוש קטיף. אלפי שוטרים וחיילים הוצבו במחסומים שנפרסו ב"מעגל החמישי" סביב יישובי עוטף עזה. חמישה ימים לאחר מכן תוכננה צעדה בהובלת מועצת יש"ע מנתיבות לגוש קטיף, על מנת לשבור את המחסומים. לציבור היה ברור שמטרת המאבק היא למנוע בגופם את הגירוש. כבר בדצמבר 2004 פרסמה מועצת יש"ע את "אגרת ולרשטיין", שקראה לציבור "להפר בהמוניו את חוק הטרנספר, ולהיות מוכן בהמוניו לשלם את מחיר ההליכה לכלא". "אני אינני חושש ללכת לכלא, ואני מקווה שכמוני יבינו ההמונים שזהו מחיר שמחובתנו לשלם, כדי להתנגד באופן בלתי אלים לפשע הלא מוסרי של עקירת יהודים מביתם בכוח", כתב ולרשטיין, שיככב בסיומו של המאבק כמי שימנע מהציבור לפרוץ את חומות כפר מימון.
זכות ההפגנה נעלמה באותם ימים. המשטרה הודיעה כי לא תאפשר את קיום העצרת בנתיבות ועצרה החל מקריית שמונה אוטובוסים רבים שנועדו להסיע מפגינים לנתיבות. הצועדים שכן הצליחו לצאת לדרך נבלמו בכפר מימון. לבסוף, בצעד ערמומי, אפשרה המשטרה לאלפי המפגינים להיכנס לתוך הישוב כפר מימון המגודר, שם מצאו את עצמם מוקפים ונצורים במשך מספר ימים. אירועי כפר מימון נחשבים לאירועים הגורליים שהכשירו את היציאה לדרך להתנתקות, המאבק כולו למעשה התרכז לאותם ימים. לימים הודה המפכ"ל כי בעצמו לא היה משוכנע כי יצליחו להוציא לפועל את ההתנתקות ולעצור את "הכתומים".
30 אלף מתנגדי ההתנתקות הגיעו כדי לצעוד לגוש קטיף ולמנוע בגופם את הגירוש, כשאנשי מועצת יש"ע, שהובילו את המטה המשותף של כלל ארגוני הימין, הבהירו שהמטרה היא לפרוץ את הגדרות ולצעוד לגוש קטיף עד לבלימת הגירוש. מולם הציבה המדינה כ-20 אלף שוטרים וחיילים שנפרסו בשלושה שכבות של שרשרת אנושית עם צלפים מאחוריהם. הציבור העצום שהתאסף בכפר מימון הפך לעצרת מחאה ממושכת וחסרת תקדים, אבל במקום לפרוץ את הגדר הובילה ה"הנהגה" שצעדה בראש צעדת ההמונים, ובה רבנים ובכירי ההנהגה הפוליטית, את הציבור סביב סביב הגדר של כפר מימון. "איש לא יעצור אותנו מלהגיע לגוש קטיף" הבטיחו בכל בוקר אנשי מועצת יש"ע אבל בפועל מנעו את היציאה מהגדרות. לבסוף כשהציבור הבין כי לא הולכים לצעוד לגוש קטיף האנרגיות העצומות הפכו לאכזבה, והמאבק הפך לפסטיבל חסר תכלית.
לימים טענו אנשי מועצת יש"ע כי הם החליטו ש"הם לא רוצים לנצח את הצבא", ותירצו את הפער בין ההבטחות לציבור לבין מה שהתבצע בשטח בכך שהם הבינו כי זה עלול להיגמר בשפיכות דמים. במבחן התוצאה, הנהגת ההתיישבות החליטה שהיא לא רוצה למנוע את הגירוש, הממלכתיות גברה על פיקוח הנפש. את הגרעין הקשה של "הפעילים הקיצוניים" שהיה עלול להניע את הציבור לפרוץ את הגדרות הוציאו מכפר מימון בפעולת הונאה לכיון גוש קטיף, ואת ההמון השאירו לכוד בתוך הגדרות. האירוע שהפך לטראומתי עבור רבים מהמשתתפים והוליד משבר אמון מול ההנהגה העסקנית והרבנית, ריסק את המאבק בתוכנית ההתנתקות. במהלך מחושב של אדריכלי ההתנתקות הם הצליחו, באמצעות ריכוז הציבור העצום, לעקר את הכוח העצום שלו. שיתוף הפעולה וההונאה הוכיחו את עצמן, ויש שיגידו כי הדרך לגירוש גוש קטיף והקמת חמאסטן נסללה באירועי כפר מימון.
בעולם מקביל - בעוד בציבור הימני עסוקים במאבק נגד גירוש יהודי גוש קטיף, צה"ל היה עסוק, לצד ההכנות הקדחתניות למשימת הגירוש, במו"מ מול אנשי הרשות הפלסטינית לתיאום הנסיגה מעזה, והחזרת השליטה הביטחונית הפלסטינית גם ביהודה ובשומרון.
על הנייר אמנם נרשמה "תאהדיה" עם חמאס, שבאה לידי ביטוי בעיקר בירידה בפיגועי ההתאבדות, אך ה"הרגעה" נתפסה ע"י חמאס בעיקר כהצהרתית - את שרון שרצה לייצר אווירה שהנסיגה איננה תחת אש זה סיפק. הפיגועים נמשכו ע"י הג'אהד האסלאמי ו"ועדות ההתנגדות" ששימשו גם כפרוקסי של חמאס, אבל גם חמאס עצמו המשיך בשיגורי הרקטות ופצצות המרגמה, למרות ירידה קצרה בהיקף הירי של חמאס אחרי כניסת ה"הרגעה" לתוקף. בערב ההתנתקות הגביר חמאס את קצב הירי לישובי הנגב. מ-20 שיגורים בחודש מרץ (שבו נכנסה הרגיעה לתוקף) ל-74 באפריל, 92 במאי, 134 בחודש יוני והשיא של 221 שידורים בחודש יולי. הירי הלך והתגבר - ככל הנראה - ככל שחמאס הבין כי נסיגת צה"ל ופינוי היישובים היא מהלך בלתי הפיך.
ב-9 באפריל 2005 ירה כוח צה"ל ב-3 נערים ברפיח. עפ"י צה"ל השלושה זחלו מרפיח לציר פילדלפי ועסקו בהברחת נשק. בתגובה ירו המחבלים יותר מ-30 פצצות מרגמה לעבר היישובים ומוצבי צה"ל בגוש קטיף, ורקטה נוספת שוגרה לעבר נתיב העשרה בעוטף עזה. בארגוני הטרור שיגרו איומים, אך במקביל הבהירו שההרגעה מבחינתם נמשכת. בחמאס הצהירו שיגיבו "בעיתוי ובאופן שיבחרו", וניתן היה ללמוד כי בחמאס חוששים מהסלמה שתעכב את ההתנתקות. באותו חודש צה"ל התריע על "עלייה משמעותית בפעילות החבלנית העויינת ברצועת עזה", ודיווחו כי באותם שבועות נפתחה אש לעבר ישובים ישראלים וכוחות צה"ל בלמעלה מ-30 מקרים, ובנוסף נורה טיל נ"ט.
ב-18 במאי 2005 החל ירי של יותר מ-30 פצצות מרגמה לנווה דקלים ומורג. בצה"ל זיהו את חוליית השיגור, אך עפ"י הדיווח צה"ל העביר מסר לרש"פ לשלוח שוטרים פלסטינים שיפסיקו את הירי. רק לאחר שבצה"ל ראו השוטרים הפלסטינים לא פועלים ירו טיל לעבר המשגר ואחד המחבלים נפצע. "בצה"ל נמנעו במהלך החודשים האחרונים מהפעלת כלי טיס לתקיפות ברצועת עזה גם לעבר חוליות הפצמ"רים, אך הזהירו כל העת כי בהעדר פעילות ממשית וסיכולית מצד הפלסטינים, צה"ל יהיה מחויב לפעול" דיווחו ב-ynet. בכתבה צוטטו גם "גורמים מדיניים" שהאשימו את אבו מאזן: "הכל כתוצאה מההסכם האומלל של אבו מאזן עם ארגוני הטרור בקהיר: הוא אפשר להם להשתתף בבחירות בלי לגבות מהם שום תמורה".. "אבו מאזן יכול לעצור את החוליות ולהכניס לכלא, ולא עושה זאת והם מנצלים את חולשתו".
אך למרות התדרוכים של מופז נגד אבו מאזן, לתובנות האלו לא היתה משמעות מעשית. בצה"ל אמנם תדרכו שקיבלו הוראות "להיערך", אבל הבהירו וסייגו "אף אחד לא מתכוון לכבוש את עזה, גם לא נראה כאן כעת מבצע רחב נוסח 'ימי תשובה', אבל בהחלט מתכוננים בצורה רצינית, גם אם בסוף לא נבצע כלום". הנחת העבודה - כך סיפרו בynet, היא שמדובר ב"הסלמה זמנית" ושם המשחק הוא "היערכות וסבלנות". "אם ישראל תגיב, הדבר עלול להביא להידרדרות שאף אחד לא רוצה" אמר בראיון ל-ynet בכיר באמ"ן.
ב-19 ביוני ירו מחבלים טיל נ"ט לעבר חיילים ואזרחים שעבדו על מיגון ציר פילדלפי - ציר שמספר שבועות לאחר מכן יחליטו שרון ומופז לסגת ממנו. לבינתיים עמלו החיילים לבנות חומת בטון בגובה 7-9 מטר שתגן על הציר ועל פעילות איתור המנהרות, כחלופה להרחבת הציר שנפסלה ע"י היועמ"ש. בצה"ל התכוננו אז להישארות בציר פילדלפי גם לאחר פינוי היישובים: "בשטח הזה, שיהיה תחום וברור, נוכל לפעול כנגד המנהרות בשלל אמצעים וללא חשש מאיומי טרור". מהירי נרצח חייל צה"ל אבי קארותשי הי"ד. אבל זה לא היה פיגוע בודד - רק באותו יום בגוש קטיף ירו מחבלים טיל נ"ט לעבר כוח צה"ל, בכפר דרום חוסל מחבל שתקף עמדה של חיילי צה"ל, ובגדיד נפצע חייל קל מירי מחבלים
ב-7 ביולי שוב הייתה מתקפת פצצות מרגמה וקסאם. בישוב גני טל נהרגו 3 פועלים - 2 עזתים ואחד סיני מפגיעת רקטה בחממות. במקביל נפלו 2 רקטות קסאם בשדרות, אחת מהן פגעה פגיעה ישירה בבית מגורים. חמאס הודיע שהירי הפעם הוא תגובה לעימותים בין המשטרה לערבים בהר הבית. ראש העיר שדרות אלי מויאל זעם: "אנו נמצאים 70 יום לפני ההתנתקות והמניע כמו תמיד הוא רק בגלל היותנו יהודים וזה לא נגמר אף פעם". בשדרות הבינו כי ההתנתקות לא תיטיב את מצבם, וכי המחבלים לא מתכוונים להפוך לאנשי שלום אחרי שצה"ל לא ישלוט ברצועה. שבוע לאחר מכן, ב-14 ביולי - חודש לפני ההתנתקות, נורה מעזה מטח של יותר מ-20 שיגורים. מהירי נהרגה דנה גלקוביץ הי"ד מפגיעה בנתיב העשרה, ואחת מפצצות המרגמה פגעה בביתו של דוד חטואל, שאשתו ו-4 בנותיו נהרגו בפיגוע בציר כיסופים. הפעם אמרו בחמאס כי הירי הוא תגובה על כניסת צה"ל לפעולה בטול-כרם. באותו שבוע נורו לפחות 30 רקטות קסאם לנגב המערבי, ובעיקר לעיר שדרות, מלבד יותר מ-70 שיגורים פצצות מרגמה ורקטות קסאם על גוש קטיף. במועצת יש"ע הגיבו לירי הקטלני: "אילו שרון היה משקיע בביטחון אזרחי ישראל ובמלחמה בטרור את הארגון, המחשבה, האנרגיות והכוחות שהוא משקיע בתוכנית הגירוש והעקירה, לבטח מצבנו הביטחוני היה טוב בהרבה".
ב-24 ביולי נתפס מחבל שחדר מעזה עם חגורת נפץ, צמוד לגדר קיבוץ ניר עם. בישובי הנגב המערבי הוכרזה כוננות גבוהה והתושבים נקראו להישאר בבתיהם. בחקירתו סיפר המחבל - איש הפת"ח, שהיה בדרכו לפיגוע התאבדות במקום הומה אדם בתל אביב. זה היה חודש לאחר שמחבלת שהיה לה אישור מעבר לטיפול בבי"ח סורוקה בבאר שבע נתפסה במעבר ארז עם תחתוני נפץ. באותו ערב נרצחו בפיגוע ירי בציר כיסופים הזוג דב ורחל קול הי"ד - שהיו הנרצחים האחרונים בגוש קטיף לפני ההתנתקות. בקרב עם המחבלים נפצע גם קצין הביטחון של המועצה עמי שקד. דובר מועצת חוף עזה, ערן שטרנברג, אמר: "בגוש קטיף מזהירים את שרון וחבורתו כי פסק הדין של ההיסטוריה יהיה מחמיר במיוחד ויכלול אות קלון שיישאר לנצח על מצחם". תושבי גני-טל שחזרו מההלוויה לגוש קטיף הנצור סירבו להזדהות במחסום רעים: "לו בודקי התעודות היו מופנים אמש לאבטחת הציר אולי כלל לא הייתה הלוויה", אמר אחד התושבים מגני טל.
במקביל ביו"ש, במהלך שנת 2005, ניהל מופז מו"מ עם דחלאן ליציאת צה"ל מהערים והעברת השליטה לרש"פ. לאחר שבמהלך חודש מרץ יצא צה"ל מיריחו וטול כרם, החליט מופז לעכב את העברת השליטה על קלקיליה, לאחר שהתברר שהפלסטינים לא עמדו בהתחייבות שלהם: הרש"פ לא אספה את הנשק מהמבוקשים בטול כרם ויריחו. למרות זאת ב-23 ביוני הנחה מופז להיערך להעברת השליטה על בית לחם וקלקיליה אחרי ששרון הבטיח לאבו מאזן את העברת השליטה על בית לחם, ואפילו התחייב שגם המחבלים המגורשים מבית לחם יוכלו לחזור לשם. שבוע לפני כן דווח שישראל הסכימה להעביר גם את ג'נין לאחריות ביטחונית פלסטינית, לפני הנסיגה מיישובי צפון השומרון.
ב-10 ביוני שחררה הרש"פ את שלושת מחבלי הג'יהאד האסלאמי שעצרה לאחר פיגוע ההתאבדות בתל אביב. מספר ימים אחר כך, ב-13 ביולי, התפוצץ מחבל מתאבד סמוך לקניון השרון בנתניה. בפיגוע נרצחו אשה - יוליה ולטשין ה"ד ושתי נערות: נופר הורוביץ ורחל בן אבו הי"ד. המחבל, פעיל ג'יהאד אסלאמי מהכפר עתיל שליד טול כרם, פוצץ חגורת נפץ של 10 ק"ג חומר נפץ. במערכת הביטחון הסבירו שהג'יהאד רוצה לעשות פיגועים ע"מ לסכל את ההתנתקות, וכי הוא מנסה לגרור את החמאס "ללא הצלחה". בצה"ל הסבירו כי עד כה "בצבא הקפידו לפעול נגד הג'יהאד במקומות שבהם אין חיכוך עם אוכלוסייה אזרחית, על מנת שלא ליצור פגיעה בחפים מפשע – דבר שיוביל להסלמה", כעת הורה מופז - שהביע את אכזבתו מאבו מאזן - לעשות טיפול "ממוקד ואינטנסיבי" לג'יהאד".
"על אף שהרגיעה היא אינטרס משותף של ישראל והפלסטינים כדי להיכנס לתהליך ההתנתקות בצורה מתואמת ורגועה, לא יתכן שבמהלך כה קשה וכואב הפלסטינים יפעילו טרור נגדנו" אמר מופז, שהתייחס גם להתנתקות ואמר: "קשה לנבא מה תהיה המציאות הביטחונית בדיוק, אבל ההערכה היא שנחיה במציאות טובה יותר. אני לא יודע אם זה יקרה ביום שאחרי, אבל משוכנע שתוך מספר חודשים עד שנה, נהיה במצב טוב יותר". צה"ל נכנס בעקבות הפיגוע שוב לטול כרם ממנה יצא 3 חודשים קודם לכן. חיילים הודיעו ברמקולים לתושבים המקומיים כי על העיר מוטל עוצר ונאסר עליהם לצאת מבתיהם עד להודעה חדשה.
"העיר טול כרם הייתה העיר הראשונה שהועברה לאחריות ביטחונית פלסטינית. היא לכאורה מטופלת מזה מספר חודשים על ידי הפלסטינים אך למרות ואולי בגלל זאת הפכה להיות בסיס להנהגת הג'יהאד האיסלאמי בשומרון, וראשי הארגון חיו בנחת בעיר". אמר ארז וינר, קצין אג"מ איו"ש. "נמשיך לפעול בטול כרם כמה זמן שיידרש ועל פי הערכות ביטחוניות זה יכול להיות ממספר שעות עד ימים".
על פי דוחו"ת השב"כ שפורסמו ערב ההתנתקות, בחודש יולי 2005, בשיא ה"רגיעה", היה מספר הפיגועים גבוה משל השנה הקודמת. מדו"ח השב"כ עולה כי הירידה בקטלניות הפיגועים נבעה דווקא מפעילות הסיכול האינטנסיבית שהתאפשרה הודות לשליטה המבצעית ביו"ש לאחר חומת מגן, ולא בגלל שארגוני הטרור הפסיקו לנסות להוציא פיגועים. את תקופת ההודנה ניצל חמאס, גם ביו"ש, להעברת ידע וניסיון לפתח יכולות רקטיות, במספר נסיונות שהתגלו בחודשים שלאחר ההתנתקות. מה שעצר את זה היתה דווקא השתלטות חמאס על רצועת עזה כאשר אבו מאזן נאלץ להבין שהוא חייב את "התיאום הביטחוני" כדי לשרוד.
בעזה, חמאס התארגן בכל הכוח ליום של "אחרי ההתנתקות", והכין את חגיגות הניצחון באופן מדוקדק. גם מפעל ההברחות הלך והתעצם, כשחמאס מנצל הן את התאהדיה והן את ההבנה שצה"ל לא יעמיק את אחזיתו בציר פילדלפי בזמן שהוא מתכונן לצאת משם. בתחילת חודש יולי כבר פורסם המו"מ של מופז עם נשיא מצרים להסכם ליציאת צה"ל מפילדלפי, וב-27 ביולי כבר סיפר מופז בראיון לתקשורת כי התוכנית היא שצה"ל יסוג גם מפילדלפי תוך זמן קצר. שבוע לאחר מכן בישיבת הממשלה שעסקה באישור פינוי 3 הישובים הראשונים: נצרים, כפר דרום ומורג, ו-8 ימים בלבד לפני תחילת הגירוש, הודיע שר האוצר נתניהו לשרון על התפטרותו וכי הוא מצביע נגד.
"הולך ומתברר שהנסיגה החד צדדית תחת אש אינה נותנת לנו דבר, להיפך היא מסכנת את ביטחון ישראל, מפלגת את העם ומקבעת את עיקרון הנסיגה לקווי 67 שאינם ניתנים להגנה, ואינה הדרך להשיג שלום". "מה אנו מקבלים תמורת עקירת משפחות על ילדיהן, על בתיהן ועל קבריהן? נקבל בסיס טרור איסלאמי". "אני משוכנע היום שהצעד הנוכחי יביא במרוצת הזמן להגברת הטרור ולא להחלשתו", כתב נתניהו במכתב, שהגיע מאוחר מדי, לאחר שכבר הצביע מספר פעמים בעד ההתנתקות.
בקיץ 2005 כבר סולקו מהדרך כל מי שהזהיר או התנגד להתנתקות. שר הביטחון מופז הודיע כמה חודשים קודם כי הרמטכ"ל יעלון - שהתנגד להתנתקות - לא ימשיך לשנה נוספת, ודן חלוץ נכנס לתפקיד הרמטכ"ל ב-1 ביולי 2005. לאחר שחלוץ הוביל את ההתנתקות והמציא את הסיסמא הצינית "בנחישות וברגישות", הוא הספיק לכהן פחות משנה וחצי כשנאלץ להתפטר לאחר הביקורת הגוברת על ניהול מלחמת לבנון ה-2, כשועדת וינוגרד קבעה כי חלוץ "אחראי אישית ופיקודית לעובדה כי ביום הפקודה לא היו באמתחתו תוכניות ריאליות מוכנות למצב הסלמה בזירת הלבנון". הועדה גם העבירה ביקורת על "אמונת-יתר בכוחו של חיל האוויר ואי הערכה נכונה של כוחו והיערכותו של היריב". בנוסף לכך נשחשפה הפרשה שביום חטיפת החיילים מכר את כל תיק ניירות הערך שלו. מכהונתו של הרמטכ"ל חלוץ תישאר רק ההצלחה המסחררת בגירוש יהודים מבתיהם, ושנאה יוקדת למתיישבים. את צמרת צה"ל הובילה חבורה שהאמינה בשינוי יעדו של הצבא. חלוץ צמצם את צבא היבשה, ובנה תפיסת עולם הנשענת על חיל האוויר וחימוש טכנולוגי מדויק.
בצה"ל התגייסו באופן מלא למשימת ההתנתקות: "אומנם הציבור בישראל היה חלוק בנוגע לשאלה אם צה"ל צריך להיות מעורב בהתנתקות, אבל צה"ל עצמו קיבל על עצמו את התפקיד באופן טוטלי", כתב יותם אמיתי, שהיה יועץ ארגוני באוגדת עזה וממובילי ההכנה המנטלית. חלק מקציני צה"ל שהובילו את ההתנתקות היכו לימים על חטא באופן חלקי, והודו כי היא הובילה להקמת חמאסטן, אך זה לא הפריע לדן הראל, ניצב אורי בר לב במשטרה ודומיהם להתמסר למשימת הגירוש באופן מלא. "אני תקווה שיציאת כוחותינו מהרצועה מסמלת את תחילתה של תקופת שקט ושלום עם שכנינו", אמר דן הראל בזמן הנסיגה מעזה. לימים, חודשיים לפני טבח שמחת תורה, התראיין הראל בפודקאסט אפרכסת והסביר את יתרונות ההתנתקות "הגבול ברור, בנינו אותו טוב מאד" "מאד יציב, אין חדירות". הראל הוסיף: "ידענו שעזה תהיה חמאסטן", אבל לדבריו זה עדיף, והראיה שזה "מהלך ביטחוני שעמד במבחן הזמן". הצ'ק נפרע לצערנו זמן קצר אחרי הראיון הזה. הדעות הפוליטיות של חלק מקציני ההתנתקות נחשפו כעבור שנים, כמו גיא צור שהיה רמ"ט פיקוד דרום בהתנתקות ובעל תפקיד מרכזי בהוצאתה אל הפועל, שקרא להוציא את הליכוד מחוץ לחוק.
אין כאן מקום להביא את כלל הציטוטים היהירים והמזלזלים של אדריכלי ההתנתקות וצמרת צה"ל, אבל פטור בלא כלום אי אפשר: "אני מבין בביטחון ואני מבטיח לעם ישראל 40 שנים של שקט", "הסיכוי שיהיו טילים מעזה אפסי", "אשקלון לא תהפוך לקו החזית, אני רוצה שתדעו את זה, לא אשקלון ולא מקומות אחרים." אלו חלק מההבטחות של רה"מ אריאל שרון. "ההיפרדות תביא למציאות ביטחונית, מדינית וגיאוגרפית טובה יותר" - דני יתום ראש המוסד לשעבר וחבר כנסת במפלגת העבודה. "יש טענה שיהיה איום, איום ובריחה, איום על הישובים בנגב. עוד לא שמעתי טענה מגוחכת מזו" - השר מאיר שטרית. "הפינוי מפחית את רצונם של הפלשתינים לפגוע באוכלוסייה ישראלית", כתבו שופטי בג"ץ. מולם עמדו פשוטי העם, שהבינו את המובן מאליו, נסיגה מביאה טרור, כניעה נותנת כוח לאויב. הציבור שאהב את הארץ התגלה כפיקח יותר מכל "מומחי הביטחון". הזעקה של הציבור באה לידי ביטוי בסרטון המפורסם של זעקותיו של ד"ר סודי נמיר - הרופא של גוש קטיף בזמן פינוי מביתו "יהיו קטיושות על אשקלון, מרגמות על שדרות, רצח בנתיבות. כולכם שותפים לפשע הזה
סוגיה מרכזית שהעסיקה את השיח היתה סירוב פקודה. הרב שפירא, שנחשב למנהיג הציונות הדתית, קבע בנחרצות עפ"י דברי הרמב"ם "אם אמר המלך לעבור על דברי תורה אין שומעים לו", כי מדובר באיסור תורה וחובה לסרב פקודה. מנגד רבנים של הזרם הממלכתי, שחיילים רבים יותר היו מזוהים איתם - התנגדו בטענה שסירוב פקודה יחליש את הצבא. הצבא ללא ספק חשש שסירוב פקודה יכשיל את ביצוע המשימה, ולכן הגיב בצורה חריפה לגילויים של סירוב פקודה, ומנגד השקיע משאבי עתק בהכנה המנטליות.
למשימה גויסו מיטב הפסיכולוגים בצה"ל ואנשי ממד"ה, מרכז מדעי ההתנהגות בצה"ל, שהכינו הכשרה מנטלית שמטרתה היתה שטיפת מוח מאורגנת ושינוי תפיסות העולם של החיילים, הן ביחס למטרות צה"ל והן ביחס למתיישבים. בדיעבד, זה עבד. סירובי הפקודה היו מזעריים ולא השפיעו על תפקודו של הגירוש - שהפך למערכה המוצלחת ביותר של צה"ל מזה עשרות שנים. שנה לאחר מכן במלחמת לבנון ה-2 יתגלו תוצאות ההכנה המנטליות ושינוי יעדו של הצבא ויתברר כי כנראה דווקא אלו שהתנגדו לסירוב פקודה הם שהחלישו את הצבא.
הפסיכולוגים שהובילו את ההכנה המנטלית לא הסתפקו בהכשרה לביצוע מעשה הגירוש, אלא ראו בזה מהלך רחב יותר אידיאולוגי: "אנחנו הפסיכולוגים מעורבים בפעילות הצבאית המעשית במובן העמוק ביותר: משפיעים על בנין הכוח, שותפים בתכנות הפעלת הכוח ובמקרה המיוחד של ההתנתקות, גם בביצוע המשימה." הסביר צור קרן, הפסיכולוג הראשי של מפקדת זרוע היבשה. "לעומת השיח הצבאי בעבר, ["הבלטת מקומו של האויב כמאיים על ביטחונה, שלמותה, ריבונותה ושלום אזרחיה"], כיום חודרות לשיח הפיקודי הבנה, הומניות, הוליסטיות ומוסריות, המטשטשות את גבולות השיח". "תוכנית ההתנתקות, כפעולה צבאית לא מלחמתית שלא יועדה למיגור אויב והשמדתו, היוותה דוגמה מייצגת לצורך החדש שעמד בפני מפקדי צה”ל ליצור שיח פיקודי מותאם למשימה" - כתבו על עבודת ההכנה המנטלית בכתב העת הצה"לי פסיכולוגיה צבאית".
אבל המהלך שהבטיח את הוצאתה לפועל של ההתנתקות היה מינוי של גרשון הכהן למפקד ההתנתקות. גרשון הכהן - יוצא הציונות הדתית, השתייך לזרם "הקצינים הפילוסופים" תלמידיו של שמעון נווה בצבא. הכהן טען כי התנגד להתנתקות ואף חשב שהיא תוביל לסכנה ביטחונית, אך בכל זאת נרתם בלב שלם לביצוע המשימה.
במאמר שפורסם בכתב העת 'מערכות' הכהן תיאר את הדרך שבה פעל להצלחת ההתנתקות, תוך שהוא מתאר את תפקידו כ"מצביא" של נסיגות, כאשר דאג לתת לנסיגה תדמית של מעשה ציוני, ולטשטש את הפער שבין המגרשים למגורשים. הדבר בא לידי ביטוי אפילו בסדר העמידה בתוך בית הכנסת בנווה דקלים, שהונדס כדי לטשטש נפשית את יכולת מתנגדי ההתנתקות להתנגד לגירוש: "בהצגה לאלוף פיקוד הדרום הצגתי את הרעיון בניסוח הבא: "המסר המרכזי שאמור להצטבר מכלל המשמעויות הסמליות הכרוכות במעשה כוחות הביטחון הוא צביעת הפינוי באור ציוני" ,הסביר גרשון הכהן בראיון שבו תיאר כיצד פעל לעצב את האווירה ככזו שתפחית את ההתנגדות. בין השאר באמצעות "מוזיקה שמעצבת את האווירה". לשם כך הביא גרשון הכהן מכוניות עם רמקולים, בהם שם את המוזיקה של "רחם על עמך ישראל". התכנון וההכנות הוכיחו את עצמן - הגירוש בוצע באופן מוצלח מהמצופה. נדמה שאת כל רצף הכישלונות של צה"ל ברצועה, הוא המיר לפעולה המוצלחת ביותר - גירוש יהודי גוש קטיף על הצד הטוב ביותר. את המחיר של הפירוק של צה"ל שילמנו תוך פחות משנה כבר במלחמת לבנון ה-2.
במוצאי תשעה באב (15 באוגוסט 2005), יצא לדרך גירוש יהודי גוש קטיף וצפון השומרון. צה"ל החל את הפינוי במבצע שקיבל את המיתוג "יד לאחים", לחלוקת צווי פינוי לתושבים. בחלק מהיישובים חסמו המתיישבים ותומכיהם את הכוחות שהונחו שלא להתעקש. המטרה של חלקות הצווים - כך הסביר גרשון הכהן לימים - היתה לשבור את ההפרדה בין כוחות הפינוי למתיישבים, ולייצר ערבוב. "התכנית הזו טובה לישראל בכל תרחיש עתידי. אנו מצמצמים את החיכוך היומיומי ואת קורבנותיו משני הצדדים. צה"ל ייערך מחדש בגבולות הגנה, מאחורי גדר הביטחון. אלה שימשיכו להילחם בנו יפגשו בצה"ל ובזרועות הביטחון במלוא עצמתם" הכריז שרון עם יציאתה לדרך של ההתנתקות.
יומיים לאחר מכן החל הפינוי בכוח. החיילים שיועדו לביצוע הפינוי הגיעו במאסות אדירות כשעל בגדיהם ממותג דגל ישראל, הצעירים שהגיעו להתנגד להתנתקות כונסו בבתי הכנסת, משם היה יותר קל לפנות אותם באופן מסודר. לאחר טקס משותף לכוחות הפינוי וההנהגה הרבנית, המפנים עברו מבית לבית והוציאו את המשפחות החוצה לאוטובוסים. כך תוך שמונה ימים גורשו כל המתיישבים ב-22 היישובים בחבל עזה, כשתומכי החמאס צופים בפינוי מגגות חאן יונס. בתוך שמונה ימים חרב מפעל חיים של חלוציות והפרחת השממה, מפעל חיים של גיבורים שיום יום מנעו בגופם את מפעל הטרור ברצועת עזה, שהצליחו לעמוד בפני מתקפות טרור יום יומיות אבל קרסו אל מול הבולדוזרים של שרון.
הפינוי של התושבים התנהל על פי רוב ללא התנגדות חריגה, על אף תרחישי אימה שפורסמו בכלי התקשורת. "גם אחרי שהתברר שההתנגדות לפינוי נותרה בעיקר בתחום הסימבולי, המשיכו כלי התקשורת להשתמש בטרמינולוגיה קטקליזמית. גם אחרי שכמעט כל חששות הצבא והמשטרה התבדו במהלך הפינוי של ההתנחלויות ברצועת עזה, לא עצר מסע ההפחדה. אמירות הוצאו מהקשרן לצורך כותרות קיצוניות, ורק בגוף הידיעה הסתתרה האמת המאכזבת. סיכומים מראש על התפנות שקטה הוצנעו. "נדמה היה שגם אם התקשורת מבינה שהסיפור מתון יחסית למה שציפתה, היא מנסה לעמוד בסטנדרטים החמורים שהציבה לעצמה, למצוא את האש שהבטיחה לקוראיה" כתב על הפער שבין מה שדווח בכלי התקשורת למציאות אורן פרסיקו.
יחלפו כעשרים ימים מהשלמת פינוי התושבים מיישובי גוש קטיף ועד ליציאת צה"ל מהרצועה. במשך עשרה ימים הרס צה"ל ויחידת הבינוי של משרד הביטחון 2,530 בתי מגורים בגוש קטיף, ופינה את הציוד החקלאי והתשתיות הצבאיות. במקביל פונו הקברים מבית העלמין בנווה דקלים, והתנהל מאבק על גורל בתי הכנסת, שהוחלט לבסוף שלא להרוס. באותם שבועות הובילו שרון ומופז בהליך פזיז את ההצבעה על הנסיגה מציר פילדלפי. ב-12 בספטמבר יצא צה"ל מרצועת עזה במה שהוא כינה "מבצע אשמורת אחרונה", כשמחבלי עזה רצים לשרוף את בתי הכנסת שנשארו מאחור. באותו יום כתב בן כספית טור רומנטי: "מהיום בבוקר עזה - יוק, מליון ורבע פלשתינים נותרים בה לגורלם, כן פידללפי, לא פילדלפי זה כבר לא מעניין" "תם חלום ארץ ישראל השלמה, נקבר קבורת חמור, מת מוות חטוף, כמעט ללא יסורים" הבטיח בן כספית תחת הכותרת "תם עידן עזה". עידן עזה לא תם, עליו תוכלו לקרוא בהמשך הסדרה תיק עזה