ישנו ויכוח גדול ועתיק בין העוסקים ברפואה המכונה "קונבנציונאלית", לבין העוסקים ברפואה המכונה "משלימה" , ואחד הנושאים החשובים בו הוא הבנת מהותה של מחלה וממילא הדרך הנכונה להתייחס אליה.
כמו בכל תחום, ובפרט בתחום בעל חשיבות עליונה כמו תחום הרפואה, את האמת ניתן למצוא אך ורק בתורה, ובעיקר בפנימיות התורה.
האבטיפוס בתורה למחלה וריפויה היא מחלת הצרעת, המאופיינת בנגעים על העור, הבגדים, ובבתים. הכלי יקר מסביר שעניין המצורע הוא "מוציא רע", כלומר הכוחות השליליים במעמקי הנפש מתגלים כלפי חוץ. כאשר, למשל, אדם מדבר לשון הרע (מכה רעהו בסתר), או נמנע מלהשאיל את רכושו בטענה שגם לו אין, הנגעים מגלים לעין כל את אשר היה נסתר עד עתה. דבר זה אינו "עונש בעלמא", אלא חלק מתהליך הריפוי, שכן השלב הראשון של הרפואה תמיד יהיה הכרה בכך שישנה בעיה שורשית ועמוקה.
חז"ל מלמדים שצריך להישמר בגופנו איזון בין מים לדם, כאשר המים משולים ל"חסד", זרימה טבעית והתפשטות, ואילו הדם משול ל"גבורה", הכוונה ביקורתית של הזרימה לאפיקים חיוביים, המאפשרת התקדמות נכונה קדימה. ברגע שמופר האיזון מתפתחת מחלה, כאשר במקרה של צרעת ישנה "התגברות הדמים", כלומר הפניית הביקורתיות כלפי חוץ, במקום כלפי האדם עצמו, ולכן גם תהליך התיקון מתחיל בנגעים חיצוניים.
בספר יצירה נאמר: "אין בטובה למעלה מענג, ואין ברעה למטה מנגע". מו"ר הרב גינזבורג מסביר שהנגע מתבטא בחיי היום יום בתענוגות הגשמיים הנמוכים, וידוע מהבעש"ט ש"תענוג תמידי- אינו תענוג", ומוביל לשעמום וצער. דווקא נגע הצרעת משמש ככלי לרענון והתחדשות הענג ועל ידו סר הצער.
הדוגמא העיקרית לרופא בתורה היא הכהן, אליו פונה המצורע דווקא בזכות תכונות הנפש המיוחדות שלו (וכידוע שאפילו "ראש מחלקת נגעים בהדסה" אינו יכול לרפא מצורע, אם אינו כהן...). השורש של הכהונה נמצא אצל משה רבינו – העניו מכל אדם - ששימש בימי המילואים שאנו בעיצומם. הכהן מאבחן את הנגע וקובע את דרך הטיפול מתוך הבנה שהמחלה עצמה היא חלק מתהליך הריפוי העמוק של החולה ("הרע כסא לטוב").
תובנה זו חשובה אפילו ברמה הפיזיולוגית גרידא. הדוגמא הפשוטה ביותר לכך היא תופעת ה"דלקת". דלקת נתפסת פעמים רבות כאבחנה של מחלה ("יש לי דלקת ריאות, דלקת גרון, דלקת בכתף" וכו), אך האמת היא שדלקת היא התגובה הטובה והנורמאלית של הגוף לאיום כלשהו, והיא בעצם חלק מתהליך הריפוי. במקרה של דלקת ריאות למשל, הבעיה אינה הדלקת אלא החיידק או הוירוס אליהם הגוף מגיב, ולכן גם הטיפול המקובל אינו טיפול בדלקת אלא אנטיביוטיקה המשמידה את החיידק אליו הגוף הגיב.
להבנה שהתבטאות חיצונית של מחלת גוף היא בעצם חלק מתהליך הריפוי, הן ברמה הפיזיולוגית, והן ברמת הנפש והנשמה ישנה השלכות מרחיקות לכת על כל עולם הרפואה. במובן הזה לעתים אין הבדל בין הגישה של הרפואה הקונבנציונאלית לזו המשלימה, שהרי אם ישנה למשל דלקת בגב התחתון, הרופא הקונבנציונאלי ירשום כדורים נוגדי דלקת, והרופא המשלים ידקור או ילחץ על כפות הרגליים, ולא תמיד תהיה התייחסות לרבדים העמוקים יותר, אפילו ברמה הפיזיולוגית, וכל שכן במימדים הפנימיים.
