הנהגת ה' את עם ישראל בתקופת היותם במדבר הייתה בדרך המכונה בחכמה הפנימית "מוליך לימין משה זרוע תפארתו" - הנהגה שמעל הטבע.
פרשת חוקת עוסקת במעבר מהנהגת דור המדבר במשך ל"ט שנה להנהגה של השנה האחרונה, שנת הארבעים.
השנה הזאת הביאה בכנפיה שינוי בהנהגת ה' ביחס לעם ישראל. היות והיתה נבואה שמשה מת ויהושע מכניס את ישראל לא"י, ובני ישראל לא רצו את הנהגתו של משה רבנו שהייתה הנהגה ניסית, לכן הם בחרו בהנהגה בדרך הטבע.
הקדוש ברוך הוא רצה להרגיל אט אט את עם ישראל למעבר מהנהגה ניסית שהיתה עד אז להנהגה בדרך הטבע. לכן עם הסתלקותה של מרים, בחודש ניסן בשנת הארבעים לצאתם מארץ מצרים, נסתלקה גם הבאר שהייתה בזכותה של מרים.
אמנם בני ישראל היו כבר קרובים לארץ כנען והיו יכולים לקנות מים לצרכיהם מהיישובים הסמוכים, אלא שזה לא היה כ"כ נוח. מ"מ הסתלקות הבאר לא הייתה כעונש, אלא כחלק מהמעבר להנהגה בדרך הטבע ע"מ להרגיל את העם לחיי טבע יותר פשוטים.
למרות זאת חלק מהעם התלונן, אך ודאי לא היו אלו תלמידי משה רבנו ולא שבט לוי שלא התלוננו, אך התורה מציינת גם את המיעוט החריג.
ה' אמר למשה לאסוף את העם, לקחת את המטה ולדבר אל הסלע שיתן מימיו. משה רבנו טעה במשהו, ונחלקו המפרשים מה באמת הייתה הטעות של משה. בדרך צחות אמרו שמשה רבנו טעה טעות אחת והמפרשים עשו ממנה שתים עשרה טעויות.
הנצי"ב מוולוז'ין אומר שה' אמר למשה רבנו להדגים בפני העם כיצד צריך לנהוג בדרך הטבע בזמן שאין מים או כשמתרגשת צרה, כדי שלאחר שיגיעו לארץ ותהיה חלילה עצירת גשמים, שהרי ארץ ישראל 'למטר השמים תשתה מים', ידעו מה לעשות.
הקדוש ברוך הוא אמר למשה 'ודברתם אל הסלע' - דבר אל העם דברי תורה ודברי כיבושין, אחר כך עִמדו והִתפללו ואז תענו, וכך תנהגו גם בארץ. הדבר מובא גם במסכת תענית, שבזמן שיש עצירת גשמים מוציאים את ספר התורה לרחובה של עיר ואומרים דברי כיבושין, וכך חוני המעגל שהיה עג עוגה ומתפלל בתוכה עד שירדו גשמים.
אולם, כיון שמשה רבנו כעס, לא רצה הקדוש ברוך הוא שהוא ינהיג את העם בצורה הזאת, לכן אמר "יַעַן לֹא הֶאֱמַנְתֶּם בִּי לְהַקְדִּישֵׁנִי לְעֵינֵי בְּנֵי יִשְׂרָאֵל לָכֵן לֹא תָבִיאוּ אֶת הַקָּהָל הַזֶּה אֶל הָאָרֶץ אֲשֶׁר נָתַתִּי לָהֶם". המגמה האלוקית הייתה שבני ישראל יראו ויבינו איך תפילה פועלת, ומכך היו מקבלים מסר חינוכי, אך כיון שלא עלה הדבר - הם לא זכו להיכנס לארץ.
נמצא שהייתה כאן החמצה מצד משה רבנו איך ללמד את העם, וזו אחת הסיבות שגם הוא לא נכנס לארץ.
מכאן אנו למדים לדורות, שעל כל צרה שלא תבוא על הציבור צריכים להתפלל ולזעוק אל ה', ולדעת שהקדוש ברוך הוא עונה לעם ישראל בעת צרה.
אנו נמצאים היום במצב לא נורמאלי. עם ישראל מאויים ע"י רשעי הגויים מרחוק ומקרוב, בנוסף להתנכלות מהטועים שבתוכו.
עלינו להתאחד במיוחד בחודש תמוז, שבו מתחילים ימי הצום והאבלות על חורבן ביהמ"ק. נדע נאמנה, שאם נתפלל בכוונה ובלב שלם, הקדוש ברוך הוא יענה לתפילתנו וישבית את כל אויבינו. אי"ה נזכה גם שתענה התפילה שנראה עין בעין בישועת השם על עמו ונחלתו.
