שלושה ערבים תושבי השומרון ושני ערבים תושבי הצפון נעצרו על ידי השב"כ בחשד שביצעו פעולות טרור בשליחות איראן. על פי פרסום השב"כ החמישה הופעלו בידי גורם איראני שמתגורר בירדן במטרה לאסוף מודיעין, להבריח נשק ולבצע פעולות טרור.
בין האנשים שאחריהם עקבו החמישה נמצאים חבר הכנסת לשעבר יהודה גליק והשר לביטחון לאומי, מר איתמר בן גביר.
על פי השב"כ המחבלים הציתו רכבים בחיפה על פי ההוראות שקיבלו מהמפעיל על מנת "לערער את יציבותה של מדינת ישראל ותחושת הביטחון של אזרחיה." כך אירוע שנראה לכאורה פלילי מתגלה כאירוע לאומני חמור עם שנעשה בהכוונה איראנית.
כתבי אישום הוגשו לבית המשפט הצבאי ולבית המשפט המחוזי בחיפה כנגד החשודים.
בדו"ח מבקר המדינה שיצא אחרי פרעות "שומר החומות" הועברה ביקורת על השב"כ על הפקרת הזירה הפלילית למשטרה, בניסיון לעשות הפרדה מלאכותית בין הלאומני והפלילי.
על אף ההבנה שבזמן אמת הנשק הפלילי, שמוחזק בכמויות עצומות בציבור הערבי, יופנה לטרור לאומני כלפי יהודים, השב"כ נמנע מלעסוק בסוגיה, בנסיון להטיל את האחריות על המשטרה אולם בעקבות אירועי שומר החומות הקונספציה מתחילה להשתנות.
"החקירה חשפה שיטת פעולה איראנית, של שימוש באזרחים ישראלים, גם כאלו בעלי רקע פלילי, וגיוסם לשם קידום פעילות טרור על גבי פלטפורמות פעולה עברייניות, בתמורה לתשלום כספים." נכתב בהודעת השב"כ. "פרשיה זו ממחישה, פעם נוספת, את מאמציה הגוברים של איראן לערעור היציבות הביטחונית, החברתית והמדינית בישראל, זאת באמצעות גיוס אזרחים ישראלים ופלסטינים לפעילות ביטחונית ופלילית."
הפעלת סוכני ריגול איראניים דרך ירדן, מצטרפת לתופעת הברחות הנשק שעוברות דרך הגבול עם ירדן, והופכות את מה שנחשב בעבר לגבול השקט ביותר של מדינת ישראל, לאיום על ביטחונה של המדינה.
במשך שנים ארוכות נחשב הגבול עם ירדן לגבול שקט, וההברחות הרבות דרכו לא הטרידו את מקבלי ההחלטות.
"היו רכזי שב"כ שאמרו שעוד אקדח או פחות אקדח לא מעניין אותם כי זה פלילי, אלא רק אם מדובר בנשק שמגיע למטרות פח"ע", סיפר לקול היהודי גורם ביטחוני. "היום ההבנה הזו כבר השתנתה אבל למערכת הביטחון של מדינת ישראל לקח המון זמן לשנות דפוס חשיבה".
בשנתיים האחרונות המגמה משתנה, בעיקר בגלל ההבנה המתגבשת במערכת הביטחון בכך שמאחורי כמויות הנשק האדירות שעוברות בצירי ההברחות, עומדים ארגוני טרור כמו חמאס וחיזבאללה, ומעליהם איראן, שמטרתם היא הצפת הרחוב הערבי בישראל בכלי נשק ליום פקודה וביצוע פיגועים בקלות.
גם הפשיעה הגוברת בציבור הערבי ומבצע שומר חומות שחשף מחדלים אדירים של השב"כ ומערך המודיעין של משטרת ישראל סייעו בניעור המערכת.