הפיגועים נמשכו גם אחרי החלטת הממשלה: שבועיים אחרי ההצבעה בממשלה, ב-21 ביוני, נהרג פועל תאילנדי בחממות של כפר דרום, באירוע שלהערכת צה"ל היה חלק מניסיון להוציא לפועל פיגוע משולב: מחבל ירה לעבר כוח צה"ל, ובמקביל הגיע לזירה טרקטור עם מחבל נוסף. שבוע לאחר מכן פוצצו מחבלים מנהרת תופת שנחפרה מתחת למוצב "אורחן" שבצומת גוש קטיף. מטען של מאות ק"ג חומר נפץ התפוצץ מתחת למוצב שקרס כולו, חייל אחד - רועי ניסים הי"ד - נהרג במקום מקריסת גג המוצב ועוד 5 חיילים נפצעו, חמאס לקח אחריות על הפיגוע. הפיגוע האיכותי סימל את התעצמות ארגוני הטרור, והמעבר מפיגועים "קטנים" לפיגועים גדולים ורבי עוצמה המתוכננים זמן רב.
המנהרה - כך התברר בחקירות המחבלים - נחפרה כחצי שנה לפני הפיגוע וכללה שלושה תעלות, במטרה לפוצץ אותם על כוחות ההצלה שיגיעו, ולאפשר חדירת מחבלים ע"מ לחטוף את גופות החיילים. רק בשל וויכוחים פנימיים בין ארגוני המחבלים התכונית הגדולה לא יצאה אל הפועל. מפקד האוגדה שמואל זכאי צוטט כי "לא היתה התרעה ממוקדת על אפשרות של חפירת מנהרת תופת מתחת למוצב, אולם נעשו מספר פעולות בנושא זה כפי שנעשות במוצבים אחרים של צה"ל". בנוסף צוטט בכלי התקשורת כי "מיגון כנגד מנהרה הינו בעייתי יותר". "גורמים מדיניים" קרי שרון הבהירו שההתנתקות תימשך, צה"ל בתגובה תקף 2 מחרטות לייצור קסאם - הפעם מהאוויר.
במועצת יש"ע הגיבו כי "הפיגוע הקשה מוכיח שאסור להתעלם מדברי האזהרה של הרמטכ"ל ואלופי צה"ל, לפיהם בריחה תחת אש רק תגביר את הטרור". ראש מועצת חוף עזה שוב הזכיר כי הפיגוע יצא מאותם בתים שבג"ץ אסר על הריסתם: "הפיגוע אירע צמוד לבתים שביקשנו כבר מזמן להרוס, אך בג"ץ בינתיים מונע את הריסתם. בחסות אותם בתים חפרו ארגוני הטרור את המנהרה וביצעו את הפיגוע".
ח"כ אפי איתם מהמפד"ל הזהיר כי הנסיגה תביא את המנהרות ליישובי עוטף עזה: "בריחה חד-צדדית לעולם לא תביא שלום וביטחון. מי שיברח מהטרור, הטרור ירדוף אחריו, ומי שנלחם בטרור - מנצח. פעילות צה"ל באיו"ש מוכיחה כי כשצה"ל נמצא בשטח ונלחם, הוא מצליח למגר את הטרור. אסור לנו להפקיר את תושבי אשקלון, אשדוד ויישובי הנגב למחבלים מהחמאס והפתח. על צה"ל להעמיק את האחיזה המבצעית שלו בשטח כדי למנוע את העברת החזית אל פתחם של יישובי הדרום". שרון לא התרגש והסביר כי "למחבלים לא חסרות מוטיבציות לבצע פיגועים".
באותו יום של הפיצוץ במוצב אורחן, שיגר חמאס 4 רקטות קסאם מבית חנון לשדרות. 3 שבועות אחרי החלטת הממשלה על ההתנתקות - העיר שדרות שילמה לראשונה גם מחיר בנפש. רקטה אחת פגעה ליד גן ילדים בשדרות ואחד מילדי הגן - אפיק זהבי-אוחיון הי"ד בן- ה-4 נהרג, יחד עם מרדכי יוספוב הי"ד, סבא לילד בגן. רקטה נוספת פגעה במרכז המסחרי שם בנס היה רק פגיעת רכוש. אימו של אפיק הי"ד נפצעה קשה "אף פעם לא האמנו שדבר כזה יקרה לנו למרות ירי הקסאמים הבלתי פוסק על שדרות" צוטטו הורים לילדי הגן שנפגע.
הרקטה שהרגה את אפיק זהבי ומרדכי יוספוב הי"ד היתה כבר דגם משופר, "נאסר 3", מה שלימד על כך שהיכולות הרקטיות של ארגוני הטרור הולכות ומשתפרות, ופעילות צה"ל - אפילו לפני הנסיגה - לא נתנה מענה לאיום שהיה ברור שעתה שיימשך גם אחרי גירשו היהודים מגוש קטיף. בממשלה המשיכו להסביר שההתנתקות תשנה את המצב הביטחוני לטובה: "כשנהיה מחוץ לחבל עזה, נצטרך להגן על היישובים רק עם הפנים לגדר ולא בצורה של 360 מעלות. אז יכולת ההגנה על התושבים והמיגון של חיילנו תהיה טובה יותר" אמר השר גדעון עזרא, "יש להילחם בטרור בכל דרך אפקטיבית אפשרית ובעיקר לא לתת לאמצעי לחימה חדשים להיכנס לרצועה" אמר השר שבעתיד יצביע גם בעד יציאה מציר פילדלפי.
יממה לפני פורסמו בתקשורת דברים שאמר האלוף דורון אלמוג, שסיים את תפקידו כאלוף פיקוד דרום שנה קודם לכן, בכינוס שנערך במוזיאון הארץ ברמת-אביב. "לא בכל יום מותח אלוף בצה"ל ביקורת כה נוקבת על מערכת המשפט הצבאית ועל בית-המשפט העליון, קודש הקודשים של הדמוקרטיה הישראלית", נכתב ב YNET. האלוף אלמוג תקף את בג"ץ והפרקליטות הצבאית שלטענתו מנעה במשך שנה את ההקמה המחודשת של הגדר סביב הרצועה ואת הפרימטר הביטחוני: "התמודדתי אז עם 20 עד 30 התרעות של חדירה לשטח ישראל… זה בדיוק כמו שבמלחמת יום הכיפורים, הרמטכ"ל היה שואל את הפצ"ר אם מותר לו להפגיז את דמשק".
הצטרפו לעדכוני הקול היהודי:
בוואטסאפ >>
בטלגרם >>
אלמוג גם הזהיר מהשלכות ההתנתקות: "אם ביום האחרון שלה נראה מחבלים פלסטינים עומדים על 19 יישובים אם נראה אותם עומדים ומסמנים וי בידיהם, יורים באוויר ומניפים דגלים פלסטינים, אם זו תהיה התמונה האחרונה – זה יכול להיות היום הגדול של הטרור, הם יטענו לניצחון גדול. הם יגידו, זהו ניצחוננו. אחרי כמה שנות עימות, הנה, הרווחנו את האדמה, את השטח, ואפשר לעשות איתו המון. היהודים מבינים רק כוח. זה עלול להיות קטליזטור לעוד טרור, גם ביהודה ושומרון". מולו עלה לדבר אדריכל ההתנתקות עיבל גלעדי: "גם אם הפלסטינים יחגגו על גגות הבתים כפר דרום, אני לא בטוח שזה צריך להשאיר אותי בעזה. תמיד יהיו כאלה שיטענו שזה הצלחה שלהם, אז מה? בגלל זה נשאר שם לנצח? יציאה מעזה תיצור דינמיקה אחרת שתעודד מנהיגות אחרת, מעבר למציאות ביטחונית טובה יותר. אני לא נבהל מהקסאמים, במהלך הזה לא איבדנו דבר מחופש הפעולה שלנו".
בעקבות ירי הקסאם צוטטו בצה"ל אומרים כי "אין מנוס מפעולה קרקעית ברצועה", "אין פתרון קסם לקסאמים, אבל דרוש רצף פעולות בעומק השטח הפלסטיני". בנוסף צוטטו "גורמים בפיקוד דרום", זאת לאחר שגם הפעילות המינורית שהיתה בשטחי השיגור הלכה ופחתה לאחר מבצע קשת בענן. צה"ל תקף מהאוויר מחרטה כרגיל, והפעם גם משרדים של כלי תקשורת של חמאס. גם המבנים של המשטרה הפלסטינית שהיו סמוכים למוצב אורחן שפוצץ נהרסו סוף סוף לאחר שצה"ל טען כי שימשו לפיגועי ירי.
ראש הממשלה שרון הגיע לבקר בשדרות ופיזר הצהרות: "מערכת הביטחון כבר החלה בפעולות שמטרתן למנוע את ירי הטילים הזה, וזה לא יהיה מבצע פשוט. אנו נבטיח שמה שקרה עכשיו טרם הפינוי מרצועת עזה וגם אחרי הפינוי לא יקרה שוב". לבינתיים יצא לדרך מבצעון בשם "מגן קדמי", שהוגדר כ"פעילות מדורגת, שתעשה בהתאם להערכות מצב". צה"ל סגר דרומית לבית חאנון דרכים המובילות לעיר עזה, "כרגע אין כוונה להיכנס לשטח בנוי ולבוא במגע עם אוכלוסייה פלסטינית". בצה"ל הסבירו שזה לקח מהלחץ הבינלאומי והתקשורתי במבצע קשת בענן.
הירי לשדרות נמשך - חמאס ירה גם במקביל לביקורו של רה"מ שרון בשדרות. אבל יישובי הנגב המערבי הפכו למטרה העיקרית. ב-4 שבועות שבהם התנהל המבצעון נפלו 17 קסאמים ביישובי הנגב. לכולם היה ברור שהפתרון של פעילות בשטחים הפתוחים הולך ונעשה לא רלוונטי ככל שטווח הקסאמים הולך ומשתפר, אבל ביישובי העוטף היו שהעדיפו לעצום עיניים במטרה לקדם את הנסיגה. ראש מועצת שער הנגב אלון שוסטר קרא לשמור על איפוק "לא נהפוך ליישובי הצפון, שדחפו את צה"ל במלחמת ששת הימים לפתוח חזית צפונית. צריך סבלנות ואורח רוח עד לרגע ההתנתקות שתועיל לנו". בסופו של דבר המבצע לא השיג את יעדו - במהלך המבצעון כמות הרקטות רק גדלה וגם התרחבה.
ב-8 ביולי פגע מטען חבלה ברכב צבאי סמוך ליישוב מורג. מפקד החטיבה הדרומית אל"מ פנחס זוארץ נפצע בינוני ורגלו נקטעה חלקית, גם ראש מנהלת ההתנתקות בפד"ם אל"מ יוסי תורג'מן נפצע קל. יממה לפני כן נכשל ניסיון חיסול של מוחמד דף ראש הזרוע הצבאית של חמאס. טיל פגע במכונית המרצדס שבה נסע אבל הוא הצליח להימלט. באותו יום גם נורו במקביל לפעילות צה"ל בפאתי בית חאנון קסאמים מג'באליה. "אנחנו דוחקים את הקסאמים לאחור ואנו מקווים להרחיק אותם מהעיר שדרות. אין פתרון מוחלט לנושא הקסאמים. למדנו את זה גם בלבנון" התבטא אלוף הפיקוד דן הראל. "במערכת הביטחון מזהים עלייה חדה במוטיבציה של ארגוני הטרור להוציא לפועל פיגועים משטח רצועת עזה, במטרה להציג את הנסיגה הצפויה במסגרת תוכנית ההתנתקות כניצחון שלהם" נכתב בעיתון.
נדמה כי בשלב זה עוד היה קיים פער בין הדרג המדיני שהציג את ההתנתקות כפתרון ביטחוני שיסיים את ירי הקסאמים ויביא לירידה באירועי הטרור, לעומת גורמי השטח שהבינו כי ההתנתקות נותנת רוח גבית לטרור, ודחפו לפעולות צבאיות ע"מ לעצור את המגמה. יחד עם הדרג המדיני היו שנושא הזה גם גורמים באגפים של ה"צוארון לבן" בצה"ל: באמ"ן שנשלט ע"י אנשי שמאל, ובאגף תכנון. עם הזמן הפער ייסגר בין השאר בגלל ה"הודנה", והשפעת מאמצי ה"הכנה מנטלית" שהיתה באופן מילולי שטיפת מוח שגייסה את צה"ל כולו למשימת "הניצחון המוחלט" על המתנחלים.
במקביל נמשכה המחאה נגד תוכנית ההתנתקות. ב-25 ביולי התקיימה "שרשרת אנושית" לאורך 90 ק"מ מגוש קטיף ועד לכותל, שלפי הערכת המשטרה השתתפו בה כ-130 אלף איש. זו הייתה מעין יריית פתיחה למחאה שמותגה כמחאת "התחברות" לעומת תוכנית ההתנתקות, והתאפיינה במסרים של אהבה, "ניצחון הרוח", והתנגדות למאבק אקטיבי. בזמן שהסתיימה ה"שרשרת האנושית" שיגרו מחבלים טיל לעבר היישוב נווה דקלים שפגע בבניין המתנ"ס, 6 ילדים נפצעו מהירי. קסאמים נורו גם ליישוב ניסנית וחייל נפצע קל מירי צלף בנווה דקלים, אלוף הפיקוד דן הראל איים כי אם הטרור הפלסטיני יימשך בעת ההתנתקות, צה"ל יחל בפעולה קרקעית באזור עזה. חבר הכנסת אהוד יתום ממורדי הליכוד הגיב "מדוע לא לבצע פעולה גדולה כמו חומת מגן כבר היום ולהביא לרגיעה ביטחונית?".
ב-23 בספטמבר 2004 לפנות בוקר חדרו שני מחבלים שהגיעו מרפיח למוצב שליד היישוב מורג, המחבלים הגיעו לשער המוצב ופתחו בירי מסיבי, המחבלים הצליחו לפגוע בסגן מפקד הפלוגה טל בדרוגו הי"ד שיצא מחדרו כששמע את הירי, ובשני חיילים נוספים שישבו בחמ"ל: ניר סמי וישראל לוטטי השם יקום דמם, המחבלים חוסלו בחילופי אש עם שאר החיילים שהתעוררו. בכתבה ב-ynet נכתב "ארגוני החבלה מנסים כמעט מדי יום לפגוע במוצבי צה"ל הפרוסים ברצועת עזה - לא אחת באמצעות מנהרות תופת או הסתננות לתוך המוצב". יממה קודם סוכל פיגוע חדירה לקיבוץ ארז שבעוטף עזה כשעל מחבל שנורה סמוך לגדר המערכת נמצאו 2 מטעני חבלה במשקל 40 ק"ג כל אחד. "גורמי ביטחון מייחסים בין השאר את המאמץ לניסיון להציג את הנסיגה המתוכננת מהרצועה כבריחה תחת אש, במתכונת של דרום-לבנון" דיווחו בתקשורת.
למחרת, בערב יום כיפור תשס"ה נרצחה תפארת טרטנר הי"ד מפצצת מרגמה שפגעה בביתה בנווה דקלים. תושבי גוש קטיף שהבינו כי הופקרו זעמו "שרון ממשיך להסית לרצח תושבי גוש-קטיף תוך קריצה למחבלים שמה שלא יעשו המקדמות יעשו המרגמות. לא נתפלא אם על הפצמ"רים הבאים ייכתב מ'שרון באהבה'" - כך אמר דובר מועצת חוף עזה, ערן שטרנברג. פצצות המרגמה שאחת מהן פגעה בבית שבו ישבה תפארת נורו מ"השכונה האוסטרית" בפאתי חאן יונס, מבנים בני 3 קומות שהוקמו ע"י ממשלת אוסטריה עבור הרש"פ בפאתי חאן יונס צמוד ליישובי גוש קטיף. בבניינים התמקמו מאז תחילת האינתיפאדה מחבלים שירו מהם נ"ט, פצצות מרגמה וקליעים לעבר נווה דקלים, גדיד ובסיסי צה"ל. חודש קודם לירי שגדע את חייה של תפארת הי"ד נפצע ילד באורח קשה מירי פצמ"ר שנורה מהבניינים האלה למתנ"ס בנווה דקלים. שבוע לאחר מכן (2.9) הרס צה"ל שני מבנים ב"שכונה האוסטרית" אך הירי נמשך מהבניינים הנוספים. בכתבה במקור ראשון דווח כי למרות שלדברי גורמי הביטחון "הבניינים האלו הופללו כבר מזמן, ככאלה שמהם יוצאים פיגועי טרור" ושהבניינים ננטשו מתושבים מזמן, נמנע צה"ל מלהרוס את הבניינים מחשש ל"תגובה דיפלומטית חמורה מצד ממשלת אוסטריה".
אבל חוץ מירי הפצמ"ר על גוש קטיף, נמשך האיום של ירי הקסאם על שדרות והישובים הסמוכים. כשצה"ל נכנס פנימה והטיל מצור על בית חאנון, המחבלים לקחו אחורה ושיגרו את הרקטות מתוך מ.פ ג'באליה, וצה"ל נרתע מלהיכנס פנימה "בכל זאת, זה מחנה פליטים, צפוף מאוד, מעוז של החמאס". אחרי מבצע "מגן קדמי" יעלון שלח את מפקד האוגדה - שמואל זכאי להיפגש עם מוסא ערפאת - מפקד כוחות הביטחון של הרש"פ כדי לשכנע את הרש"פ לקחת אחריות. צה"ל הבטיח כי אם הרש"פ תיקח אחריות על שטחי השיגור, צה"ל יפסיק את הלחימה ויצא מצפון הרצועה. צה"ל נסוג לפאתי בית חנון וכוחות הרש"פ נפרסו, אבל באופן לא מפתיע הקסאמים לא פסקו, גורמים בצה"ל הזהירו מפני הכניסה למחנה הפליטים ג'באליה והזהירו כי צה"ל יצא משם עם "נהרות של דם".
ב ערב חג הסוכות תשס"ה - 29 בספטמבר 2004, תאריך שבדיעבד יתברר כשנה לפני יציאת כוחות צה"ל מעזה, גבה הקסאם בפעם השנייה חיים בשדרות. 3 רקטות קסאם נחתו סמוך לבניין בשדרות - שני ילדים, דורית אינסו בת השנתיים הי"ד, ויובל אבבה בן ה-4 הי"ד נהרגו, 27 פצועים נוספים היו במתקפה. חמאס לקחו אחריות על הירי. יממה קודם, בעקבות ירי הקסאמים המסיבי על שדרות, נכנסו כוחות לפאתי ג'באליה ובית חאנון ותפסו עמדות בשטחים הפתוחים כדי להקשות על חוליות הירי לבצע ירי. ראש העיר שדרות אלי מויאל הגיב "לא חשבנו שדווקא בשעה שצה"ל נמצא בבית חנון תתרחש טרגדיה שכזאת", "לא יודעים מתי זה יפול ואיפה יפול הפעם. אנחנו והילדים בחרדה גדולה, אי אפשר להתרגל לזה. אם נשאר, אולי זה יפול עלינו", צוטטו תושבים בשדרות. חיל האוויר תקף מבנה של עמותת צדקה של חמאס ששימש למימון הטרור, וכוחות צה"ל 'ביתרו' את הרצועה עם מחסומים.
שרון אמר ש"ישראל תגיב בחומרה", במערכת הפוליטית היו עסוקים בלתדרך שהמטרה של ירי הקסאם היא בכלל לסכל את ההתנתקות ולכן יש להמשיך בה בכל הכוח. בידיעות דיווחו כי שרון 'הנחה' את מערכת הביטחון להביא להפסקת ירי הקסאם. "ההנחיות כבר ניתנו. כעת אנו יושבים בשטח - והם מנסים להראות שלמרות נוכחותנו הם מצליחים לירות. אין כוונה לכבוש מחדש את הרצועה" צוטטו "גורמים ביטחוניים" ב-ynet, אבל אפי' שטייניץ, יו"ר ועדת חוץ וביטחון, שהיה מתומכי ההתנתקות הודה "הדרך הנכונה היא להילחם בתשתית הטרור, ולאסור כל כניסת ציוד חריטת ברזל לרצועה, אך זה מאבק קשה. קסאמים יהיו גם לאחר ההתנתקות" שטייניץ עפ"י הכתבה בנה על מערכת הלייזר שתיכנס לשימוש תוך מספר שנים (פרויקט שלמעשה לא יצא אל הפועל ובמקומו קודמה "כיפת ברזל").
למחרת נהרגו עוד שני חיילי צה"ל ואשה אחת במתקפות מחבלים ברצועת עזה. במארב של מחבל על הכביש שמוביל ליישובי צפון הרצועה סמוך לניסנית ירה המחבל על שלומית בטיטו הי"ד שיצאה לריצת בוקר, ואח"כ על מכונית ובה חיילים שהוקפצו לזירה. אחד החיילים ויקטור אריאל הי"ד נפצע קשה ומת מפצעיו. המחבלים חדרו דרך הגדר וניסו לחטוף את גופתה של הנרצחת. באותו לילה במתקפה של מחבלים על עמדה שתפסו חיילי צה"ל בבית חאנון נהרג החייל גלעד פישר הי"ד וחייל נוסף נפצע קשה. עפ"י הדיווחים צה"ל החל להיכנס לעומק מחנה הפליטים ג'באליה "צה"ל פועל לרוב רק בפאתי הערים הפלסטיניות בשל חשש מחיכוך גבוה עם אירגוני הטרור בחסות אזרחים, אולם בפעולה הנוכחית נאלץ הכוח לשהות במעמקי השטח הפלסטיני, כולל עמדות שונות השולטות באש ובתצפית".
שרון כינס את הקבינט. שרון, כך תיארו בעיתונים, הלם באגרופו על השולחן ואמר "ירי הקסאם לא יימשך. זה צריך להיפסק". היו שהציעו להפעיל לחץ על האוכלוסייה "השותפה לפשע", נתניהו - כך דווח במעריב - הציע לנתק את החשמל לג'באליה ולחרוש את הכבישים, טומי לפיד לעומת זאת אמר כי אם ישראל מתכוונת לסגת מעזה אין טעם "להתעסק עם זה", ו"כרגע לא לעשות כלום". מה יעשו תושבי שדרות? השיב טומי לפיד בציניות "שיחזקו את הגגות". בסופו של דבר הקבינט אישר לצה"ל להשתלט על כל השטח ממנו ניתן לירות על שדרות "בכוונתו להוציא את שדרות, כפר עזה, מפלסים, נחל עוז יד מרדכי, צעד ועלומים ממעגל הקסאמים. אין מועד יציאה, יש רק מועד כניסה. אנחנו נחושים להעביר מסר חד וברור לפלשתינים כי המצב לא יכול להימשך". "היעד הוא שקט בשדרות ולא כיבוש מחדש של צפון הרצועה", הבהירו גורמים מדיניים בכירים, "והראיה היא שתוכנית ההתנתקות כלל לא יורדת מעל הפרק". בצה"ל הנמיכו קצת ציפיות "היעד הוא לצמצם במידה ניכרת ביותר את הירי לשדרות".
צה"ל יצא למבצע "ימי תשובה" שנמשך שבועיים בבית חאנון, בית לאהיא ומחנה פליטים ג'באליה. בשונה מפעולות קודמות, במבצע "ימי תשובה" נכנסו כוחות צה"ל אל תוך השטח הבנוי. מבצע ימי תשובה נחשב לפעם הראשונה שבה צה"ל הפעיל את שילוב הפעולה בין חיל האוויר לכוחות הקרקעיים, כשהתמרון נתפס כדרך לגירוי המטרות וקטילה של המחבלים מהאוויר. תפיסת הפעולה הזו היוותה את הבסיס של מבצעי צה"ל בעזה גם לאחר ההתנתקות - פעילות קרקעית שמטרתה אינה כיבוש, שליטה או אפילו טיהור מלא ממחבלים, אלא "פגיעה קשה" וסיוע לפעילות הכירורגית מהאוויר. בתקשורת קשרו כתרים למבצע, שאחד העיתונאים הגדיר כ"גולת הכותרת של פעילות צה"ל ב-5 שנות האינתיפאדה". צה"ל שבמשך 5 שנים חשש לפעול בעומק מחנות הפליטים בעזה, פעל בעומק מחנה פליטים ג'באליה שנחשב למעוז החמאס. המטרה המוצהרת הייתה חיסול של כמה שיותר מחבלים. במהלך המבצע גם חוסל מנהיג הג'אהד האסלאמי ברצועת עזה בשיר דבש, כעבור כמה ימים הרחיב צה"ל את הפעילות גם לעיירה בית להיא במקביל לבית חאנון וג'באליה.
תוך כדי המבצע הוביל צה"ל בפיקודו של רמת"ק עזה דאז יואב פולי מרדכי "מאמץ הומניטרי" בכפוף לפסיקת בג"ץ שהגיעה לאחר המבצע הקודם "קשת בענן". בין השאר דאג לפתיחתם של צירי תנועה הומניטריים לטובת כלי הרכב והמשאיות של ארגוני הסיוע שהובילו מזון, מים, צוותים לתיקון תשתיות חשמל ומים ואף פינו פצועים. בנוסף לכך הוצב בכל חפ"ק קצין תיאום דובר ערבית שיזהיר מפגיעה במקומות רגישים כגון מסגדים, בארות מים, מבנים ציבוריים, בתי ספר ותשתיות.
לקראת סוף המבצע התפרסם בעיתון הארץ תדרוך לפיו הדרג המדיני רוצה להמשיך במבצע, ואילו הדרג הצבאי רוצה לסיים. מי שכנראה דחף לצאת היה בין השאר עופר וינטר שאמר מאוחר יותר בראיון "אחרי כמה ימים שפגענו בהם באופן קשה היינו צריכים לצאת משם. לא היינו צריכים להישאר שם יותר מדי זמן כי הדימוי של המבצע נפגע". התדריך הזה הוביל בסופו של דבר לפיטוריו של מפקד אוגדת עזה שמואל זכאי. הרמטכ"ל יעלון זעם על התדרוך לתקשורת והחליט להעביר פוליגרף קצינים כדי לברר מי הדליף לעיתון הארץ, בעקבות הפוליגרף התפטר תא"ל זכאי ואת מקומו תפס אביב כוכבי, לימים רמטכ"ל. לימים אחרי השתלטות חמאס על הרצועה חתם זכאי יחד עם בכירים נוספים לשעבר במערכת הביטחון על קריאה "לנהל מו"מ עקיף מול חמאס".
ב-16 באוקטובר, שבועיים אחרי תחילת המבצע יצא צה"ל ממרכזי הערים ג'באליה ובית לאהיה ונערך מסביבם. מופז הבהיר בערוץ 2 כי "לא הפסקנו את הפעולה ברצועת עזה", "אנחנו ממשיכים את המלחמה שלנו באופן אחד ובדרך שונה. ההיערכות הנוכחית ממשיכה את הלחימה נגד הקסאם". יתכן ולדפוס הפעולה של מבצע "ימי תשובה", שבו לראשונה בוצע מבצע דומה לחומת מגן ברצועת עזה וצה"ל נכנס לפעול בלב הערים, היתה יכולה להיות השפעה מכרעת על הטרור אילו היה נמשך בעקביות, אבל הדרג המדיני פעל לכיוון ההפוך לחלוטין. במקום כניסה ופעולה צבאית - נסיגה. בכל אופן, בניגוד להבטחות, נרשמה אמנם ירידה בירי הקסאם אחרי המבצע אך הוא לחלוטין לא פסק.
הצטרפו לעדכוני הקול היהודי:
בוואטסאפ >>
בטלגרם >>
ב-21 באוקטובר 2004, 5 ימים לאחר סיום המבצע חיסל צה"ל את עדנאן אלע'ול, מי שנחשב לממציא רקטת הקסאם וליד ימינו של מוחמד דף, שישראל ניסתה ללכוד או לחסל מספר פעמים קודם. אלע'ול היה נחשב ל"אבי התעשייה הצבאית הפלסטינית", ופיתח את מערך הרקטות וטילי הנ"ט של חמאס. לימים סיפר מי שהחליף אותו דיראר אבו סיסי בחקירתו, כי החיסול של עדנאן אלע'ול עיכב במשך כשנתיים את המאמץ לשדרוג הרקטות מטווח של 6 ק"מ לטווח של 22 ק"מ. באותו יום נהרג החייל משה אלמליח הי"ד מפיצוץ מטען סמוך למוצב חרדון שבציר פילדלפי. הפיצוץ הגיע בהמשך לגילוי מספר מטענים באיזור באותו שבוע. בצה"ל הסבירו שחמאס רוצה למצב את עצמו כמוביל דגל הלחימה לקראת הנסיגה.
ב-29 בינואר נהרג חייל מפגיעת פצמ"ר במוצב מורג: שתי פצצות מרגמה נחתו בתוך המוצב ושבעה חיילים נפצעו. סמל מיכאל צ'יז'יק הי"ד נפצע באורח אנוש ומת מפצעיו בבית החולים. באותו שבוע 'נפלו' בגוש קטיף 36 פצצות מרגמה, פי 2 מהממוצע השבועי. צ'יזי'ק היה ההרוג הרביעי מפצמ"ר בגוש קטיף, בנוסף לארבעה ההרוגים בשדרות מקסאם.
בעולם מקביל המשיכו המאבקים הפוליטיים לקראת ההצבעה על תוכנית ההתנתקות בכנסת. ההצבעה על "תוכנית ההתנתקות המתוקנת", שהיתה ללא שום שינוי מהתוכנית המקורית התקיימה ב-26 לאוקטובר. לפי נוסח ההצבעה עוד לא אושר פינוי היישובים בפועל אלא רק חוקי הפיצויים והקמת מנהלת סל"ע. שרון צלח את ההצבעה ברוב של 67 כנגד 45 למרות הכרעת מתפקדי הליכוד.
שרי הממשלה הבכירים: סילבן שלום, ישראל כץ, בנימין נתניהו ולימור לבנת הצביעו בעד, לאחר שנעדרו מהסיבוב הראשון של הקראת השמות (לכאורה כשהבינו שההחלטה תעבור גם בלעדיהם). המפד"ל הודיעו כי אם לא תובא ההחלטה למשאל עם תוך שבועיים - יפרשו מהקואליציה. גם נתניהו הצטרף לאיום לפני ההצבעה כי הוא וחבריו יתפטרו מהממשלה אם שרון לא יביא את ההתנתקות למשאל עם, שרון צפצף וחברי הכנסת של המפד"ל פרשו מהקואליציה - אך זה היה כבר מאוחר מדי, שרון כבר הצליח למצוא להם תחליף, "לא יהיה שום משאל עם" הבהיר השר שטרית, נתניהו לא מימש את איומו.
בנוסף תמכו בהצבעה על ההתנתקות רוב חברי הכנסת של הליכוד, חברי הכנסת של מפלגת העבודה (19) שינוי (15) ומרץ (6). התנגדו חברי הכנסת של המפד"ל, האיחוד הלאומי, מורדי הליכוד, ש"ס ובסופו של דבר גם חברי הכנסת של יהדות התורה בעקבות הוראת הרב אלישיב לחברי הכנסת רביץ וגפני להצביע באותה הצבעה נגד ההתנתקות. רביץ טען: "לו היינו לשון המאזניים, היינו מצביעים אחרת. מאחר ויש רוב לתוכניתו של שרון, אנחנו רוצים להגיד שלא צריך לפנות ישובים, לכן נצביע נגד". מיד לאחר ההצבעה פיטר שרון את שני חברי הממשלה שהצביעו נגד: השר עוזי לנדאו וסגן השר מיקי רצון.
3 ימים לאחר האישור הראשוני של התנתקות בכנסת יצא יאסר ערפאת יו"ר הרש"פ לטיפול רפואי בפריז "בעקבות התדרדרות במצבו". על מצבו הבריאותי הוטל ערפול ושבועיים לאחר מכן, ב-11 בנובמבר 2004 הגיעה הודעה על מותו. מחמוד עבאס "אבו מאזן" מונה להחליף אותו כיו"ר אש"ף, הבחירות לנשיא הרש"פ נקבעו לינואר 2005.
