עבודת יום הכיפורים במקדש מתייחדת בכך שדווקא הכהן הגדול הוא זה שעושה את כל העבודות העיקריות. לצורך כך, במהלך כל שבעת הימים שלפני יום הכיפורים, הוא פורש מביתו ומאשתו, ועולה לבית המקדש לחדר מיוחד הנקרא 'לשכת פלהדרין'. בימים אלו הוא מתכונן לקראת עבודת יום הכיפורים, על ידי לימוד ותרגול של סדר עבודת היום. הכנה נוספת שנעשית, היא התקנת כהן נוסף שיוכל להחליפו במידת הצורך, אם יהיה בו פסול.
כדי להתרגל לעבודה, במהלך כל שבעת הימים הללו, הכהן הגדול עושה בעצמו את רוב עבודות הציבור במקדש, ובנוסף, הסנהדרין קוראים לפניו את פסוקי סדר העבודה, ומלמדים אותו את סדריה, ומורים לו לקרוא גם בעצמו כדי שיזכור היטב. בנוסף הם מעלים את הכהן ללשכת 'בית אבטינס', על מנת ללמדו את חפינת הקטורת.
כדי להיות בטוחים שהכהן הגדול אכן טהור מטומאת מת, מזים עליו מאפר פרה אדומה ביום השלישי וביום השביעי להפרשתו.
לקראת סיומם של שבעת הימים, בערב יום הכיפורים, הכהן הגדול עושה הכנות אחרונות. הוא נעמד בשער המזרחי של העזרה, ומעבירים לפניו פרים, אילים וכבשים, כדי שיתבונן עליהם ויִזכר בהלכות סדר היום.
לקראת הערב, לא נותנים לכהן הגדול לאכול הרבה, מכיוון שאכילה מרובה גורמת לאדם להתעייף, ובליל יום הכיפורים חשוב שלא יישן, כדי שלא ייטמא בשינתו. מחשש זה של טומאה, מקפידים גם שלא יאכל דברים העלולים להביאו לידי טומאה.
על אף שאין חובת 'עליה לרגל' לבית המקדש ביום הכיפורים, כך שעולי הרגלים יכולים להמתין ולהגיע רק בחג הסוכות, רבים מהם מקדימים להגיע לבית המקדש כדי לזכות להיות בו בזמן עבודת יום הכיפורים.
לפני יום הכיפורים מכינים לכהן הגדול שתי מערכות של 'בגדי לבן'. 'בגדי לבן' הם ארבעה בגדים העשויים מפשתן משובח: כתונת, מכנסיים, אבנט ומצנפת. מכינים שתי מערכות ששווים הכולל עומד על שלושים מנה לפחות (שווי של כ- 13 ק"ג כסף, וי"א כ- 26 ק"ג כסף).
אם ישנם אנשים שעלולים לבוא בזמן שהמשלח יוצא עם השעיר לעזאזל, ולתלוש בשערו, מכינים כבשׁ שיוצא מבית המקדש, שעליו המשלח יוכל ללכת עם השעיר ללא הפרעה.
לקראת שילוח השעיר, מכינים סוכות, בדרך שבין ירושלים למקום שילוח השעיר, ובכל אחת מהן מניחים אוכל ושתיה ודואגים שיהיה אדם שיחכה בסוכה מכניסת יום הכיפורים, כדי שיהיה נוכח בשעה שהשעיר ומשלחו יעברו שם.
במהלך כל ליל יום הכיפורים, הכהן הגדול צריך להישאר ער. על מנת שהוא לא ירדם, הוא דורש לציבור הנמצאים שם, ואנשים מ'יקירי ירושלים' לומדים תורה לידו. במידת הצורך, נוקטים בכמה פעולות נוספות העוזרות לו לשמור על עירנות.
מה שכלי התקשורת לא מספרים לכם - הצטרפו עכשיו לעדכונים מהקול היהודי>>
בחצות הלילה עושים את העבודה הראשונה – 'תרומת הדשן', ולפנות בוקר, מסדרים ארבע מערכות של אש על גבי המזבח (בניגוד ליום רגיל שמסדרים רק שלוש), ומעלים שני גזרי עצים נוספים כבכל יום.
לפני שהכהן הגדול לובש את בגדי הכהונה ומתחיל לעבוד, הוא צריך לטבול, ולאחר הלבישה לקדש את ידיו ורגליו. את הטבילה הראשונה הוא עושה כעת במקום שאינו קדוש בקדושת העזרה, ואת הטבילות הבאות יעשה במקום קדוש הנקרא 'בית הפרווה'. במהלך כל יום הכיפורים, בזמן שהכהן הגדול מחליף את בגדיו מבגדי הכהונה הרגילים ('בגדי זהב') לבגדי לבן, ולהיפך, הוא צריך לקדש את ידיו ורגליו לפני שפושט את בגדיו, לפושטם ולטבול, ואז ללבוש את הבגדים האחרים ולקדש שוב את ידיו ורגליו.
לאחר הטבילה, הכהן הגדול לובש את שמונת בגדי הזהב, מקדש את ידיו ורגליו, וניגש לשחוט את התמיד. מביאים לו את הטלה המיועד לקרבן התמיד, וכשמאיר המזרח הוא שוחט אותו - מתחיל בשחיטת המינימום המחייב, ונותן לכהן אחר לסיים את השחיטה ומיד עובר לקבל את הדם, (שהרי הוא עצמו צריך גם לשחוט וגם לקבל את הדם). לאחר קבלת הדם הוא זורק אותו על גבי המזבח, ומפשיטים ומנתחים את הקרבן.
מנקים את המזבח הפנימי והמנורה, ומוליכים למזבח את אברי קרבן התמיד, והכהן הגדול מקטיר את הקטורת על מזבח הקטורת (כבכל יום), ואת אברי קרבן התמיד.
לאחר סיום עבודת התמיד הכהן הגדול מקריב חלק מקרבנות המוסף. ביום הכיפורים קרבנות מוסף כוללים תשעה קרבנות עולה: פר, איל ושבעה כבשים, וכן שעיר חטאת אחד. מתוכם הכהן שוחט ומקריב כעת את הפר ושבעת הכבשים יחד עם הסולת והשמן הבאים עימם.
לאחר סיום עבודות הבוקר הרגילות, הכהן ניגש להתחיל בעבודות המיוחדות ליום הכיפורים ולשם כך הוא עובר ללבוש 'בגדי לבן'. לצורך כך הוא הולך לגגו של 'בית הפרווה' ששם נמצא מקווה, ונעמד מאחורי סדין של פשתן. מקדש את ידיו ורגליו מקיתון של זהב, ופושט את בגדי הזהב. הוא טובל, מתנגב, ואז לובש בגדי לבן ומקדש שוב את ידיו ורגליו.
את העבודות הפנימיות פותחים עם הפר של הכהן הגדול, ועם שני שעירי העם שעליהם יערך הגורל. הפר ואחד השעירים מכונים 'פר ושעיר הנשרפים', והשעיר השני ישלח ל'עזאזל'. עם הפר והשעיר הנשרפים ייעשו ע"י הכהן הגדול הפעולות הבאות: א. סמיכה ווידוי. ב. שחיטה וקבלת הדם. ג. הזאה מדמם בקודש הקודשים, וכן על הפרוכת ועל מזבח הזהב, (ושפיכת שאריות הדם ליסוד המזבח החיצון). ד. הקטרת האיברים הפנימיים על גבי המזבח. ה. מסירת הפר והשעיר להוצאה לשריפה מחוץ לירושלים.
הכהן הגדול מתוודה על פרו פעמיים. הווידוי הראשון נערך כעת ובו מתוודה הכהן על עוונותיו ועוונות אנשי ביתו. הכהן נעמד ליד הפר כשפניו לכיוון האולם, ומניח את ידיו על ראש הפר ומתוודה, תוך הזכרת שם ה' המפורש שלש פעמים: "אנא השם חטאתי עויתי פשעתי לפניך אני וביתי, אנא השם כפר נא לחטאים ולעונות ולפשעים שחטאתי ושעויתי ושפשעתי לפניך אני וביתי ככתוב בתורת משה עבדך לאמר כי ביום הזה יכפר עליכם לטהר אתכם מכל חטאתיכם לפני ה' תטהרו".
בשלושת הפעמים שהכהן הגדול אומר את שם ה' המפורש, העם כורעים ומשתחווים ונופלים על פניהם ואומרים: "ברוך שם כבוד מלכותו לעולם ועד", ובשם ה' האחרון הכהן הגדול מכווין לגמור את אמירת שם ה' ביחד עם סיום אמירת 'ברוך שם...', של העם, ואז אומר 'תטהרו'.
לאחר מכן הכהן הולך לכיוון הכניסה לעזרה (מזרח), לצד ימין (צפון) ושם נמצאים שני השעירים. הכהן נעמד כשפניו לכיוון האולם, מימינו נעמד סגן כהן הגדול ומשמאלו ראש 'בית האב' של אותו היום, ולפניהם עומדים השעירים.
הכהן הגדול עורך גורל בין השעירים. מכניסים שני 'גורלות' לתוך כלי – 'קלפי', על אחד כתוב 'להשם' ועל אחד כתוב 'לעזאזל', הוא מערבב את ה'גורלות', ומוציא אחד בימינו ואחד בשמאלו. אם הגורל של ה' עלה בימין, אומר סגן הכהן הגדול שמימינו – 'אישי כהן גדול הגבה ימינך', ואם עלה בשמאל אומר לו ראש בית האב שמשמאלו 'אישי כהן גדול הגבה שמאלך'. לאחר מכן הוא מניח על כל שעיר את הגורל הראוי לו, וכשמניח את ה'גורל' על השעיר 'להשם' אומר 'להשם חטאת', בשם ה' המפורש, והכהנים והעם ששם משתחווים ואומרים 'ברוך שם כבוד מלכותו לעולם ועד'.
הכהן לוקח 'לשון של זהורית' (חתיכת צמר הצבועה באדום), קושרה בראשו של השעיר המשתלח, ומעמיד את השעיר לכיוון שער הכניסה לעזרה שדרכו הוא עתיד להשתלח. לאחר מכן הוא לוקח לשון נוספת וקושר במקום השחיטה שבצווארו של השעיר 'להשם', ומעמידו כשהוא נוטה לכיוון צפון למקום השחיטה.
לאחר מכן הכהן הגדול חוזר לפרו העומד בין האולם למזבח, וסומך את ידיו עליו ומתוודה עליו פעם נוספת, אך הפעם מתוודה גם על עוונות כל הכהנים: "אנא השם חטאתי עויתי ופשעתי לפניך אני וביתי ובני אהרן עם קדושך אנא השם כפר נא...". וגם כאן בשלושת הפעמים שהוא מזכיר את השם, העם משתחווים ואומרים 'ברוך שם...'.
הכהן שוחט את הפר, מקבל את דמו במזרק, ומוסר את הדם לכהן ה'ממרס' שתפקידו לערבב אותו כל הזמן על מנת שלא יקרוש. אותו כהן עומד עם הדם בקצה העזרה, בצד הקרוב להיכל.
בשלב זה, לאחר השלמת הגורלות ושחיטת הפר, הכהן הגדול זוכה להיכנס ברציפות שלוש פעמים לקודש הקודשים. בראשונה, להקטרת הקטורת, ואחריה להזאת דם הפר ולהזאת דם השעיר.
לצורך הקטרת הקטורת בקודש הקודשים, הכהן הגדול לוקח מחתה מזהב שדופנה דק והיא בעלת ידית ארוכה, ועולה עימה לראש המזבח. הוא מזיז את הגחלים, וחותה מן הגחלים המעוכלים הפנימיים, ואז יורד מהמזבח ומניח את המחתה ליד הכניסה לאולם, על שורת האבנים הרביעית.
מביאים לכהן הגדול כלי עם קטורת 'דקה מן הדקה' והוא ממלא ('חופן') ממנה את כל ידיו בקטורת, ושופך הכל לתוך כף.
כעת מגיע זמן הכניסה לקודש הקודשים. הכהן הגדול נוטל ביד ימין את המחתה וביד שמאל את הכף, ונכנס להיכל ומשם נכנס באימה וביראה לקודש הקודשים.
הוא מניח על הרצפה את המחתה, בין שני בדי הארון, תופס את הכף בשיניו או בראשי אצבעותיו, שופך בזהירות בחזרה את כל הקטורת לתוך ידיו, ומשם מערה את הקטורת על גבי הגחלים. הוא מתחיל בצד הרחוק מגופו ומשם מקרב את ידיו לכיוון גופו. עשן הקטורת עולה ומכסה את הכפורת וממלא את הבית כולו בעשן, ואז הכהן הגדול מהלך לאחוריו ויוצא מקודש הקודשים.
לאחר מכן הוא נעמד בהיכל ומתפלל תפילה קצרה כדי שלא להפחיד את ישראל החרדים לשלומו. "וכך היה מתפלל, יהי רצון מלפניך ה' אלהינו שאם תהיה שנה זו שחונה תהיה גשומה, ולא יסור שבט מבית יהודה, ולא יהיו עמך בית ישראל צריכין לפרנסה, ואל תכנס לפניך תפלת עוברי דרכים".
הכהן מזה מדם הפר והשעיר בארבע מקומות - בקודש הקודשים, בהיכל מול הפרוכת, על קרנות מזבח הקטורת ועל גגו.
הכהן ניגש ונוטל את דם הפר מהכהן ש'מירס' אותו, ונכנס עימו לקודש הקודשים. הוא נכנס בין בדי הארון, ומזה שמונה פעמים.
טובל את ה'אצבע' (הסמוכה לאגודל) של יד ימין בדם, הופך את ידו (באופן שגב ידו למטה), סופר – 'אחת' ומזה מהדם מלמטה למעלה באופן שייפול בטפח הסמוך לכפורת של הארון. לאחר מכן הוא מזה עוד שבע הזאות מלמעלה למטה כשגב ידו כלפי מעלה. לפני כל הזאה כזאת הוא טובל שוב את ידו, סופר 'אחת ואחת', 'אחת ושתיים', וכו', ומזה באופן שההזאות יהיו מסודרות על הרצפה אחת אחרי השנייה, הראשונה רחוקה ממנו והאחרונה קרובה אליו. בסיום ההזאות הללו הכהן הגדול יוצא, ומניח את הדם על גבי 'כַּן' (בסיס) מזהב שמונח בתוך ההיכל.
לאחר ההזאה מדם הפר, הכהן הגדול יוצא מההיכל לאזור שבין האולם למזבח בצידה הצפוני של העזרה, ושוחט שם את השעיר 'להשם'. הוא מקבל את דמו ונכנס עימו שוב לקודש הקודשים ומָזה בדיוק באותו מקום ובאותו אופן, ואז יוצא ומניח את דם השעיר על 'כַּן' אחר.
הכהן לוקח שוב את דם הפר ומזה ממנו שמונה פעמים מול הפרוכת, במקום שמול הרווח שבין בדי הארון (באמצע הרווח), ואז מחזיר את הדם ל'כַּן' ולוקח את דם השעיר וגם ממנו מזה שמונה הזאות מול הפרוכת.
לאחר ההזאות על הפרוכת, הכהן הגדול לוקח את דם הפר שנותר במזרק ומערבב אותו עם דם השעיר על ידי שמערה אותו לתוך המזרק שבו נמצא דם השעיר, ומחזיר שוב את כל הדם למזרק שבו היה דם הפר. עם התערובת הזו הוא נעמד ליד מזבח הקטורת, (מכיוון הכניסה להיכל - מזרח) ומזה על ארבעת קרנות המזבח.
לאחר מכן הוא מזיז את האפר והפסולת שנותרו מהקטרת הקטורת של שחר, ומזה שבע פעמים על גג המזבח. בסיום ההזאות הכהן יוצא לעזרה ושופך את שאריות הדם ל'יסוד' המערבי של המזבח החיצון (מעין מדרגה בתחתיתו).
הכהן נעמד ליד השעיר המשתלח, וסומך את ידיו עליו, ומתוודה ווידוי דומה לווידוים הקודמים, אך הפעם מתוודה על כל עוונות ישראל: "אנא השם עוו פשעו חטאו לפניך עמך בית ישראל...", ומוסרו ביד אדם מיוחד - 'איש עיתי'.
האיש העיתי לוקח את השעיר והולך לכיוון המדבר. בדרכו הוא עובר דרך עשר סוכות, שבכל אחת עומד אדם ואומר לו: "הרי מזון והרי מים", כדי שיוכל ללכת במדבר מבלי לחשוש מההליכה בצום. 'יקירי ירושלים' מלווים אותו עד לסוכה הראשונה, ומשם מלווה אותו האדם שחיכה לו בסוכה הראשונה עד לשניה, ומי שהיה בסוכה השניה מלווה אותו עד לשלישית, וכן הלאה. האיש העיתי מגיע עד ל'ארץ גזרה', למקום בו יש תהום, עם סלעים חדים. כשמגיע למקום השילוח, הוא חותך את לשון הזהורית שבראש השעיר לשנים – חצי קושר בסלע שלצידו וחצי בין קרניו של השעיר ומעמיד את השעיר כשאחוריו לכיוון התהום, ודוחפו לשם.
במקביל, האנשים שבסוכות נעמדים במקומות גבוהים, כל אחד במקום שבו הוא נמצא, ומיד לאחר דחיפת השעיר, ויש אומרים מיד עם הגעתו למדבר, הם מנפנפים זה לזה בסודרים, ובכך מודיעים לנמצאים במקדש על הגעתו, מרגע זה הכהן הגדול יכול כבר לקרוא בתורה.
מיד לאחר שילוח השעיר לעזאזל הכהן חוזר אל הפר ואל השעיר השני, פותח את בטנם, ומוציא את האימורים הפנימיים לתוך כלי ('מגיס'), ואז חותך את בשרם לחתיכות גדולות, ומעביר אותם לאלה שתפקידם להוציא את הפר והשעיר מחוץ לירושלים למקום שנקרא 'בית הדשן' ולשורפם שם.
הכהן הגדול ממתין להודעה שהשעיר הגיע למדבר, ואז ניגש לקרוא בתורה. לצורך קריאת התורה הוא יוצא ל'עזרת נשים' (שבחצר החיצונה של בית המקדש), ויושב שם. את ספר התורה לוקח ה'שמש' של בית הכנסת שבהר הבית ונותנו לאחראי הראשי על בית הכנסת, וזה מעבירו לסגנו של הכהן הגדול. הסגן מעביר את ספר התורה לכהן הגדול, וזה עומד ומברך ברכת התורה וקורא שתי פרשות מחומש ויקרא: את ענייני יום הכיפורים שבפרשת אחרי מות, ואת 'אך בעשור' שבפרשת אמור. לאחר מכן הוא גולל את ספר התורה ומניחו בחיקו ואומר לציבור: "יותר ממה שקראתי לפניכם כתוב כאן", ואז קורא בעל פה את פרשת 'ובעשור' שבפרשת 'פנחס'. לאחר מכן הוא מברך ברכת התורה, ומברך עוד שבע ברכות: רצה, מודים, על מחילת העוונות, ברכה על בית המקדש, ברכה על עם ישראל, ברכה על הכהנים וברכה נוספת על ישועת ישראל ודברים נוספים כפי כוחו ויכולתו.
לאחר סיום כל העבדות הללו, הכהן הגדול חוזר לעבוד בבגדי זהב. הוא מקדש את ידיו ורגליו ופושט את בגדי הלבן, טובל, לובש בגדי זהב, ומקדש שוב ידיו ורגליו. את בגדי הלבן שלבש הכהן, גונזים, ולא משתמשים בהם לעולם.
הכהן הגדול שוחט את שעיר החטאת של המוסף, זורק את דמו ומקטיר את אמוריו, וכן שוחט את שני האילים - שלו ושל העם, וזורק את דמם ומקטירם על גבי המזבח. לאחר מכן הוא מקטיר את האימורים של הפר והשעיר הנשרפים המונחים בכלי. בנוסף, הכהן מנסך את היין של כל קרבנות המוסף, ובזמן הניסוך תוקעים בחצוצרות והלווים שרים.
הכהן הגדול עובר ללבוש בגדי לבן - הוא מקדש, פושט וטובל, מנגב, לובש את בגדי הלבן השניים (פשוטים יותר) ושוב מקדש, ואז נכנס בפעם האחרונה לקודש הקודשים ומוציא את הכף והמחתה.
בסיום הוצאת הכף והמחתה, הכהן מחליף את בגדיו לבגדי זהב, על מנת לסיים בהם את עבודות היום. הוא מקדש, פושט, טובל, מתנגב, לובש בגדי זהב, ומקדש, ואז מדליק את נרות המנורה, ומקטיר קטורת של בין הערביים כבכל יום. ויש אומרים שגם שוחט ומקריב את קרבן התמיד.
בסיום העבודות הללו, הכהן הגדול מקדש את ידיו ורגליו, פושט את בגדי הכהונה, ולובש בגדי חול רגילים (ללא טבילה וקידוש אחריה).
לאחר שהכהן הגדול מסיים לעבוד, הציבור מלווה אותו לביתו. במוצאי יום הכיפורים או למחרת הוא עושה 'יום טוב' לאוהביו על כך שיצא בשלום מקודש הקודשים.
בלילה של מוצאי יום הכיפורים, כהני בית האב של אותו יום, אוכלים את שעיר חטאת המוספים עד חצות הלילה, ואם יום הכיפורים חל בשבת, אוכלים גם את לחם הפנים.
