את מנהג הכפרות מקיימים בערב יום הכיפורים לפנות בוקר, ויש המקדימים לעשותו ימים מספר לפני כן.
עבור גבר או נער לוקחים תרנגול, ועבור אשה או ילדה לוקחים תרנגולת. את העוף לוקחים ביד ואומרים פסוקים מן התנ"ך הפותחים במילים "בני אדם יושבי חושך", לאחר-מכן מסובבים את התרנגול/ת סביב הראש ואומרים: "זה חליפתי, זה תמורתי, זה כפרתי, זה התרנגול ילך למיתה ואני אלך לחיים טובים ולשלום". על נוסח זה חוזרים 3 פעמים, פודים את התרנגול בממון ונותנים את דמיו לצדקה, לאחר-מכן שוחטים אותו ואוכלים את בשרו בסעודה המפסקת, לפני תחילת הצום.
פדיון כפרות וצדקה לקראת יום הכיפורים:
מומלץ לקחת תרנגול לבן עבור המנהג, זאת מכיוון שהצבע הלבן מסמל את הלבנת עוונות בני ישראל ואת כפרת החטאים, כמו שכתוב בישעיה: "אם יהיו חטאיכם כשנים, כשלג ילבינו". עם זאת, אין חובה להדר דווקא אחר תרנגולים לבנים.
למנהג אנו קוראים ה"כפרות" שכן התרנגול מהווה תחליף, "כפרה", לאדם.
על האדם להתבונן בכך כי לאור התנהגותו השלילית גורלו היה אמור להיות זהה לגורל התרנגול, אולם בורא עולם, המרחם ומרבה לסלוח, מכפר וסולח על העוונות בניו ביום הדין.
חשוב לזכור, כי הכפרה באמצעות תרנגול היא אינה קרבן, כדוגמת זה שהקריבו בבית המקדש. משכך, נוהגים לעשות את מנהג הכפרות על תרנגולים שהם מן העוף שאינו הוקרב על גבי המזבח (לעומתם, תורים ובני יונה, שהוקרבו על המזבח, לא משתמשים למנהג הכפרות).
רבים נוהגים לעשות את מנהג הכפרות בכסף ולא בתרנגולים. ויש המוסיפים, מעבר ל'כפרות' עוד צדקה בתורת כפרה בימים שבין ראש השנה ליום הכיפורים, כנאמר בתפילות הימים הנוראים "ותשובה, ותפילה וצדקה מעבירים את רוע הגזרה".
בפנימיות, מנהג הכפרות קשור בעבודת בית המקדש ביום הכיפורים. אז, ובעז"ה בקרוב בימינו, מפיל הכהן הגדול גורלות על שני שעירים. שעיר אחד עולה בגורל כקורבן לה' ואילו את השעיר השני שולחים "לעזעאל המדברה", לארץ גזירה. זאת לאחר שהכהן הגדול מתוודה עליו את עוונותיו ועוונות בני ישראל. שעיר זה מהווה כפרה לעם ישראל כולו.
מנהג הכפרות הוא מנהג עתיק יומין. הוא כבר מוזכר בגמרא (מסכת שבת) ולפי פירוש רש"י שם למושג "פורפיסא", על פי תשובות הגאונים, היה עיקרו של המנהג בימים ההם כך: כמה שבועות לפני ראש השנה היו קולעים סלים קטנים מכפות תמרים וממלאים אותם באדמה מעורבת בזבל. לאחר מכן נהגו לשתול בתוך כל סלסלה כזו שעועית או אפונה. דבר זה היה נקרא "פורפיסא".
פדיון כפרות וצדקה לקראת יום הכיפורים:
בערב ראש השנה, היה כל אחד לוקח את הסלסלה שלו, מסובב סביב הראש ואומר: "זה תחת זה, וזה חליפתי וזה תמורתי". לאחר מכן היו משליכים את הסלסילה לתוך נהר, כדי לקיים את הפסוק "ותשליך במצולות ים כל חטאותם".
כך היו מקיימים פעם את מנהג הכפרות ותשליך ביחד. לאחר מכן הנהיגו הפרדה בין שני המנהגים הללו והתגבש המנהג כפי שנהוג בימינו. התוכן הרעיוני של ה"פורפיסא" היה להראות כי כשם שהכל צומח וניזון מן האדמה, והכל תלוי ברצון הבורא, שגורם לכך שהצומח אכן יצמח. כאשר האדם מתבונן בכך, מעורר הדבר אצלו רגש עמוק של תשובה וחרטה על העבירות וכן קבלה טובה על להבא.
