בפסק הדין האחרון בתפקידה כנשיאת בית המשפט העליון, קבעה מרים נאור כי המרכולים בתל אביב ימשיכו לפעול בשבת. ברוב דעות הוחלט לדחות את העתירה לדיון נוסף והחלטה נגד פתיחת המרכולים בשבת. בהרכב מורחב של שבעה שופטים ישבו נאור, הנשיאה הנכנסת שתושבע היום - אסתר חיות. דפנה ברק-ארז, ניל הנדל, יורם דנציגר, יצחק עמית ונועם סולברג. השופטים הנדל וסולברג חובשי הכיפה התנגדו להחלטה וביקשו לאשר דיון נוסף בסוגיה.
אנשי ציבור מהמגזר החרדי הגיבו להחלטה ותקפו אותה בחריפות.
ח"כ אורי מקלב קרא לחוק עוקף בג"ץ. "יהיה חוק עוקף בג"ץ ולא בג"ץ עוקף שבת. בית המשפט מנסה לעקוף את תורת ישראל, ולשנות את מהות ותכלית שבת קודש, זוהי פרשנות עקומה שאינה מתאימה לתכלית החוק ולכוונת המחוקק".
ח"כ בצלאל סמוטריץ' אמר: "מה שהכי מטריד בפסק דין המרכולים הוא שלא היה אחד שהאמין שיש סיכוי לפסק דיון אחר. הנזק הכי גדול שנאור גרמה הוא לאמון הציבור בבג"ץ. החלוקה בין שופטים דתיים לאלו שאינם מוכיחה שוב שהמשפט אינו מדע מדויק אלא מערב המון אג'נדה והשקפת עולם. לכן הכרעות ערכיות צריכות להתקבל בכנסת".
מזכ"ל האיחוד הלאומי אופיר סופר תוקף את ההחלטה ואומר: "יש דבר אחד שצודקת נשיאת בית המשפט העליון באשר לעיצוב השבת הפרטית של כל אחד ואחת, אך כאן מדובר בעיצוב השבת הציבורית. ככל שנאפשר עוד ועוד עסקים שיעבדו, יחוייבו מאות אלפי עובדים לעבוד בשבת וכך ישנה סתירה בין השבת הפרטית לציבורית".
סופר מזהיר מהמהלך:"מאות אלפי אזרחים עלולים למצוא את עצמם ללא עבודה בגלל שיחייבו אותם לעבוד בשבת ומי שלא מוכן יהיה מחוסר עבודה. ניכר כי גם במקרה זה ישנו פער בין רצון העם הפשוט לבין אלו היושבים על כס השיפוט. הם אינם מייחסים חשיבות לרצון האזרחים המסורתיים המעוניינים להינות עם משפחתם בשבת. חבל שהשופטת מפלגת את העם ועלולה להביא לכאוס ולפילוג מיותר בעם".
שר הפנים דרעי הגיב לפסק הדין: "אין לי אלא להתלות באילנות גבוהים ולצטט את הנשיא ריבלין, שאמר השבוע בנאומו בכנסת: 'לא מהפכה עושה בית המשפט אלא הפיכה. ומדובר בהפיכה של ממש'".
ח"כ ישראל אייכלר: "ההצגה הקבועה של השופטים הפורשים עלתה שוב הבוקר מעל בימת התקשורת. זה כבר הפך למסורת, שופט או שופטת מסיימים את כהונתם והם מחפשים כותרת הגונה שתשאיר אותם בהיכל התהילה המזוייף. עלינו לומר לשופטים את האמת בפנים: הדרך הנואשת בה אתם נתפסים בשארית הכח בשאריות הרייטיניג שנשלחות לעברכם על ידי התקשורת, אינה מוסיפה לכם כבוד. הציבור חכם הרבה יותר ממה שאתם חושבים. האזרחים רואים את ההתנהלות הזו ומבינים את משמעותה היח"צנית. זה לא מוסיף תמיכה למעמדו הירוד גם כך של בית המשפט העליון".
"שופטים נכבדים, דעו, הזיכרון היחיד שאתם משאירים הוא גיחוך ומבוכה. אתם תישאו באחריות לדם הרע שאתם שופכים על מדורת מלחמת התרבות, שתשרוף את כל החוטים המקשרים את החברה הישראלית. זיכרונכם יישאר לדיראון עולם, כעריצים שניסו לחסל את תורת ישראל. אתם תיעלמו בתהום הנשיעה של אויבי היהדות בכל הדורות, והיהדות הנאמנה תחיה לנצח נצחים", סיכם אייכלר.
ח"כ מיכאל מלכיאלי (ש"ס) אמר כי "שופטי בג"ץ מוכיחים פעם אחר פעם שהם מנותקים מהעם. איש לא באמת חשב שביום של פסטיבל שכזה עם עזיבתה של נשיאת העליון תצא פסיקה בעד סגירת חנויות בשבת.שוב הוכח כי הגיע הזמן לחוקק חוק שיעשה סוף לשליטת בג"ץ ויתן לנבחרי הציבור בכנסת את היכולת להחליט".
יו"ר סיעת יהדות התורה ח"כ מנחם אליעזר מוזס: "אינני מופתע כלל מהחלטת בג"ץ בראשות הנשיאה נאור והיא תואמת את האג'נדה הקבועה של בית המשפט לפסוק נגד כל דבר הקשור למסורת, לדת וליהדות".
"אני חש כאב עמוק וצער על ביזיון השבת שיהודים בכל הדורות מסרו נפשם עליה, ובטוחני שגם הורי הוריה של השופטת נאור בכללם. חבל מאוד שזה סמל הפרידה שלה מכס השיפוט. סיעת יהדות התורה תפעל לתיקון הענין בחקיקה", אמר מוזס.
ח"כ משה גפני אמר, "בית המשפט העליון פשוט מנותק מהעם, השופטים פוגעים בדרך קבע בתורה הקדושה ובמסורת העם היהודי, כל פסקיהם מבוססים על עידוד חילול שבת ופגיעה בציבור המסורתי שומר השבת, לפגוע ברגשותיו מצפונו ופרנסתו. על פי ההסכם הקואליציוני נביא ביום ראשון את התיקון לחוק, ומה שבית המשפט קלקל אנחנו נתקן כדי לשמר את ישראל כמדינה יהודית ודמוקרטית".
ח"כ יואב בן צור אמר בתגובה לפסיקה, "החלטת בג"ץ היא החלטה כואבת ואיננה מתכתבת עם הצביון היהודי של מדינת ישראל כמדינה יהודית דמוקרטית. יתרה מכך, משמעות הפעלת המרכולים פוגעת קודם כל בשכבות החלשות, במנקים, בקופאים, בשליחים ובעובדים שיואלצו לעבוד בשבת בחסות המעסיקים שימשיכו ליהנות מהשבת ולתת הוראות בשלט רחוק"