אנשי ארגוני המקדש פרסמו אתמול דברי הספד לרב שאר ישוב כהן שהיה לדבריהם מראשוני הרבנים שהתעוררו ועוררו את העם לדרישת המקדש, לייהוד הר הבית ולעליה בטהרה למקומות המותרים שבו.
מיד לאחר שחרור הר הבית במלחמת ששת הימיםתמך הרב שאר-ישוב ועודד את פעילי הר הבית והמקדש שהתארגנו תחת השם "אריאל". הרב שאר ישוב פרש אז את חסותו על האירגון יחד עם הרב חיים דוד הלוי רבה של תל אביב, הרב דוד שלוש רבה של נתניה, והרבנים יוסף מוריה, לוי יצחק רבינוביץ ושרגא פייבל פרנק.
בשנות התש"ל נחלץ שוב הרב שאר-ישוב לטובת המקדש והר הבית. במסגרת פעילותה של תנועת אל הר השם פנה אל הרבנים הראשיים דאז, וקרא "לעורר את לב ישראל אל מקום מקדשנו, על ידי קביעה ברורה ומפורשת של המקומות בשטח הר הבית המותרים בכניסה על פי הדין עם הגבלותיהם ותנאיהם, כך שאפשר יהיה להקים מקום תפילה קבוע ליהודים על הר הבית, בשטח שהכניסה אליו מותרת ללא כל חשש.
במכתבו קבל הרב על "המצב השורר בהר הבית, שהנכרים עושים בו כבתוך שלהם", ש"הביא לידי כך שהדבר נחשב בישראל ובעמים למקום מוסלמי". "מצב דברים זה יש בו חילול השם ובזיון הקודש", כתב הרב במסמך הפניה, עליה חתמו גם רבה של עכו, הרב מרדכי לופז, רבה של קרית ארבע הרב דוב ליאור, הרב יהודה עמיטל ראש ישיבת אלון שבות, רבה של נתיבות הרב רפאל כדיר צבאן, הרב יוסף קפאח דיין בית הדין הגדול, ורבה של אשקלון הרב יוסף שרביט.
בפניה אל רבני ישראל בשנת תש"ם יחד עם הרב מרדכי אליהו ורבנים נוספים כתב הרב שאר ישוב: "מי יודע אם הצרות בדורנו לא נובעות מזה שאנו אדישים לנושא הר הבית. מן הראוי שרבני ישראל יתאגדו לעורר את הציבור לפעילות בנושא הר הבית והכנת הלבבות לבנין בית המקדש".
בשנת תש"ס, נענתה מועצת הרבנות הראשית לפניותיו של הרב שאר ישוב, והקימה וועדת רבנים שתבדוק מחדש את עניין העליה להר הבית ובניית בית כנסת במקום. הרבנים מינו את הרב שאר ישוב עצמו לעמוד בראשות הוועדה. הרב שאר ישוב הסביר שעם החלטת מועצת הרבנות על הקמת הוועדה בטלה למעשה ההחלטה הגורפת למנוע את העליה להר הבית. אולם הוא הצטער כל ימיו על שלא היה ביכולתו להביא בוועדה הכרעה על קריאה חיובית לעלות להר הבית.
בדברים שנשא בשנת תשע"א במכללת הרצוג קונן הרב על המצב שבו עם ישראל אינו מוכן לעלות וליראות. "נושא הר הבית הוא שורש האמונה, שורש הכיסופים, ואולי גם שורש המרי. זהו ליבו של המאבק בין היהודים לערבים בארץ ישראל. מאז שנת תר"פ אנחנו עומדים באותו מאבק". אמר הרב. "היום אנחנו בארץ, ויש באפשרותנו לעלות ולראות, אלא שאין מניחים בידינו. אולי אפשר לומר כי לא עלה על דעתם של חכמי ישראל, שיהיה מצב שבו עם ישראל חוזר לארץ ושולט בה - ולא מוכן, ולא יכול לעלות ולראות".
בדיון רבני על מקומו הרצוי של בית המקדש בתכנים של מנהרת הכותל אמר הרב שאר ישוב כי "הכותל חדל להיות הכותל של הר הבית, הוא הופך למחיצה שבין ישראל לבין הר הבית". "אם הופכים את הכותל למטרה כשלעצמה, אפשר להגיע לשכחת הר הבית והמקדש". לדבריו, "הכותל צריך להיות נקודת האחיזה שממנה בונים את הבית כולו, ולא משהו בפני עצמו". לכן הציע לקיים באולמות מנהרת הכותל סדרי לימוד של הלכות הר הבית, מסכת "מידות", ותולדות המקדש.
במכתב משנת תשע"ג (2013) כתב הרב שאר ישוב כי "גם מורי ורבי הרב צבי יהודה הכהן קוק אמר לי שהוא תומך בדרישה שהיהודים צריכים להתפלל בהר הבית, ולהיות השולטים בטהרה ובקדושה בהר, וזה חייב להיעשות על ידי החלטה של מועצת הרבנות הראשית והוראות הרבנים הראשיים לישראל". את הדברים הללו כתב הרב שאר-ישוב כהן במכתב מיוחד ששיגר לר' יעקב היימן, יו"ר מטה ארגוני המקדש ועמותת ישי להקמת בתי כנסת בהר הבית.
"הרב צבי יהודה היה "מרעיש עולמות" אילו בזמנו היה המצב כמו היום, שהשוטרים מרשים לטייל בבגדי פריצות גם ליהודים, אבל "אוסרים להתפלל", ו"מקפידים שלא יתפללו שם או יגידו פרק תהילים", כתב הרב.
לפני שנתיים, בשנת תשע"ד היה הרב שאר ישוב שותף למכתב רבנים ופרופסורים אל ראש הממשלה בבקשה להקמת בית כנסת בהר הבית. "הר הבית הוא המקום המיוחד ביותר לתפילה מכל מקום אחר בעולם", נכתב במכתב אשר עליו חתמו הרבנים. "כראש ממשלת ישראל, אנו מבקשים ממך לעשות את כל מה שדרוש על מנת להקים מתחם תפילה ליהודים על הר הבית, באופן ממלכתי ובדרכי שלום, באופן שיכבד את המקום הקדוש אליו נשואות העיניים והלב של כולנו". יחד עם הרב שאר-ישוב חתמו על הפנייה אל ראש הממשלה גם הרב שמואל אליהו, הרב מנחם בורשטיין, הרב חיים דרוקמן, הרב צפניה דרורי, הרב דב ליאור, הרב שלמה ריסקין, הרב אליהו זיני, הרב חיים כהן, והרב דניאל שילה.
