סא"ל מ', הקצין הבכיר שנהרג בפעולה החשאית שהסתבכה ברצועת עזה לפני שמונה חודשים, נפגע מכדור שירה חברו לכוח, סא"ל א', באקדחו שהיה מצויד במשתיק קול, ולא מירי פעילי חמאס, כפי שסברו תחילה בצה"ל. כך עולה מפרטי תחקיר צה"ל שחלקו הותר לפרסום הערב (יום א'). פרטים נוספים הביא גם כתב ווינט יואב זיתון.
עוד עלה מהתחקיר כי הכוח נחשף בשל מפגש שטח בשעת ערב מוקדמת עם מחבלי חמאס. כמה שגיאות ברמה הטקטית, בשיח שהכוח ניהל עם הפעילים, הוביל לדרישת המחבלים כלפי הכוח להתלוות אליהם לחקירה. בשלב זה פתח באש מפקד הכוח, סא"ל א', שהרגה את חברו מ' אך גם הרגה מספר גדול של פעילי חמאס בקרב שהתפתח, מטווחים קרובים.
"מניתוח השתלשלות האירועים במבצע עולות מספר שגיאות ותקלות שהביאו לחשיפת הכוח, המצביעות על פערים בשיטת הביצוע ובתהליך ההכנות", כתב הרמטכ"ל בסיום התחקיר.
במשך חודשים התאמן הכוח המיוחד לביצוע המשימה, ונערך לפעולה זו. בתחקיר שבוצע בכמה אפיקים, בין היתר על-ידי ראש אגף המודיעין, אלוף תמיר היימן, ששוחח אישית עם כל אחד מהלוחמים והמפקדים באירוע, עלו שורה של פערים ותקלות.
לוחמים נוספים מהכוח ניהלו את הקרב עם פעילי חמאס, שבמהלכו נהרג מפקד גדוד מזרח חאן-יונס, נור ברכה, בנוסף לשישה פעילים נוספים. מיד לאחר הקרב נסע סא"ל א' עם חייליו מהמקום ברכב המסוערב, הצטרף לכוח, ודיווח על כך לחמ"ל המיוחד בקריה, שבו ישבו באותה שעה הרמטכ"ל הקודם גדי איזנקוט וראש השב"כ נדב ארגמן.
איזנקוט, שהורה להפעיל מסוק יסעור עם כוח חילוץ של יחידת 669, אמר בהמשך בשיחות סגורות כי "עבר לי בראש שאאבד את כל המסוק על יושביו". מטוסי קרב של חיל האוויר סיפקו מסך אש שכלל כ-70 תקיפות למרחב, בין היתר לעבר המכוניות ששימשו את הכוח, בשטח הרצועה, כדי שחמאס לא ייעשה בהם שימוש, למרות שבהמשך מצא בהם לטענתם ציוד ומסמכים צה"ליים.
במבצע החילוץ הלוחמים הספיקו לקחת עימם את החלק המרכזי בציוד המודיעיני הרגיש שנשאו עימם, ולמרות הטווחים הקצרים שהיוו פגיעות מקסימלית מטילי כתף, טייסי היסעור נחתו בשטח המאויים וחילצו את הכוחות לישראל. בסך הכל, חלפו כ-20 דקות מחילופי האש ועד להגעת הלוחמים חזרה לישראל.
לפי ממצאי התחקיר המקיף, נמצאו פערים מדאיגים שליוו מבצעים דומים נוספים בשנים האחרונות. עוד נמצא כי מלאכת המעטפת נופלת לא אחת על היחידה המבצעת, ובכך מכבידה עליה. גם מפקדת המבצעים המיוחדים לא זכתה לשדרוג לו הייתה זקוקה ביחס לגידול בשנים האחרונות באיכות ובכמות פעולות אלה.
למרות הממצאים החמורים, שמהשלכותיהם מערכת הביטחון עלולה להיפגע גם בעתיד, הקצונה הבכירה בצה"ל שחקרה את התקרית קבעה שעיקר התקלות נופלות על דרגי השטח, ברמה הטקטית, ועל רקע התוצאה הטרגית של האירוע – לא יינקטו צעדים נגד אף קצין, כגון הדחה, נזיפה או אי קידום. חלק מהקצינים שהשתתפו בפעולה, ואף סא"ל א' שהרג בשוגג את חברו, עשויים לקרוב לקבל צל"ש על תגובתם ההירואית לאחר חשיפת הלוחמים בשטח.
גם סא"ל מ' ז"ל מועמד לקבל צל"ש, בעקבות פעולת הסחה שנקט שאפשרה לסא"ל א' לירות לעבר המחבלים.