ב'רעיא מהימנא' לפרשת 'נשוא' (אותיות פא – צ בהוצאת 'הסולם'), משווה הזוה"ק בין המים המרים של הסוטה, לבין המים המרים ב'מרה' אחרי שעברו ישראל את ים סוף. המים המרים, שנמחה בהם שם השם, עניינם לברר מה מצבה של האשה, ולקרב אותה לבעלה. "גדול שלום שבין איש לאשתו, שהרי אמרה תורה: שמו של הקב"ה שנכתב בקדושה ימחה על המים" (חולין קמא). בני ישראל בצאתם ממצרים היו כסוטה. מעשה בהמה ומאכל בהמה של סוטה, הם עוּבָּר ישראלי במעי בהמה במצרים, ומנחת שעורים הבאה בעומר שלמחרת השבת.
העץ שהושלך לתוך המים במרה לדעת הזוהר, הוא העץ מגן עדן: "ואילנא דטוב ורע, בגיניה איתמר 'ויורהו ה' עץ וישלך אל תוך המים וימתקו המים' ". בני ישראל היוצאים עם הערב רב היו טוב ורע מעורבים, שהצריכו עץ טוב ורע שיושלך למים. המים במרה בדקו את ישראל כסוטה. התוצאה של "וימתקו המים", הוכיחה שהטוב בבני ישראל גבר על הרע שבהם. על כן "שׁם שֹם לו חוק ומשפט ושם ניסהו". החוק והמשפט התקבלו אחרי המבחן שלל בני ישראל, על ידי עץ הדעת.
אך 'כימי צאתך מארץ מצרים אראנו נפלאות' (מיכה ז), וכשם שנבחנו ישראל במרה, כך יבחנו גם לעתיד. "יִתְבָּרֲרוּ וְיִתְלַבְּנוּ וְיִצָּרְפוּ רַבִּים וְהִרְשִׁיעוּ רְשָׁעִים וְלֹא יָבִינוּ כָּל רְשָׁעִים וְהַמַּשְׂכִּלִים יָבִינוּ", אומר דניאל (יב). המשכילים שיזהירו כזוהר הרקיע, יבינו שמה שימתיק את המים לעתיד, לא יהיה עץ הדעת כי אם עץ החיים. "עץ חיים היא למחזיקים בה", ורק היא תוכל להפוך מר למתוק, טמא לטהור וחושך לאור. דניאל מצטווה: "סְתֹם הַדְּבָרִים וַחֲתֹם הַסֵּפֶר עַד עֵת קֵץ יְשֹׁטְטוּ רַבִּים וְתִרְבֶּה הַדָּעַת". דברים סתומים וחתומים, יצרו תעלומת דורות ארוכה בלי כל פשר ותובנה.
אך הנה קם רבי שמעון, פתח את הדברים הסתומים, ואומר בהאי לישנא: " 'והמשכילים יזהירו כזוהר הרקיע', בהאי חיבורא דילך דאיהו ספר הזוהר, מן זוהרא דאמא עילאה - תשובה. באילין לא צריך ניסיון". במרה היה צורך בניסיון כדי להפריד בין הטוב לרע. אך ביציאה האחרונה מהגלות לא צריך ניסיון. הסיבה היא: "ובגין דעתידין ישראל למטעם מאילנא דחיי, דאיהו ספר הזוהר, יפקון מן גלותא ברחמי, ויתקיים בהון: 'ה' בדד ינחנו ואין עמו אל נכר' ".
מסקנתו של דניאל מהחיזיון על שפת היאור, ושאלתו "עד מתי קץ הפלאות"? אומרת: " וָאֶשְׁמַע אֶת הָאִישׁ לְבוּשׁ הַבַּדִּים אֲשֶׁר מִמַּעַל לְמֵימֵי הַיְאֹר וַיָּרֶם יְמִינוֹ וּשְׂמֹאלוֹ אֶל הַשָּׁמַיִם וַיִּשָּׁבַע בְּחֵי הָעוֹלָם כִּי לְמוֹעֵד מוֹעֲדִים וָחֵצִי וּכְכַלּוֹת נַפֵּץ יַד עַם קֹדֶשׁ תִּכְלֶינָה כָל אֵלֶּה". האיש לבוש הבדים מעל למימי היאור, מלמד מהו 'כימי צאתך מארץ מצרים אראנו נפלאות'. אך דניאל מעיד על עצמו "וַאֲנִי שָׁמַעְתִּי וְלֹא אָבִין וָאֹמְרָה אֲדֹנִי מָה אַחֲרִית אֵלֶּה"?
התשובה הכואבת החותמת את הספר היא: "וַיֹּאמֶר לֵךְ דָּנִיֵּאל כִּי סְתֻמִים וַחֲתֻמִים הַדְּבָרִים עַד עֵת קֵץ". אך בסתרי תורתו של רבי שמעון מבוארים הדברים למשכילים, שיזהירו כזוהר הרקיע: "וְהַמַּשְׂכִּלִים יַזְהִרוּ כְּזֹהַר הָרָקִיעַ וּמַצְדִּיקֵי הָרַבִּים כַּכּוֹכָבִים לְעוֹלָם וָעֶד". אפשר שעל פי הכתוב הזה נקרא שמו של הספר 'זוהר'. זוהר הרקיע למשכילים הזוהרים אומר, שהטעימה מעץ החיים היא שתתקן את האכילה מעץ הדעת. הזוהר הזה הוא שיוציא אתת ישראל מהגלות ברחמים. הניסיון במרה יוחלף על ידי ספר הזוהר, שיפריד את אל הנכר מישראל. היציאה מהגלות מטרתה: "ה' בדד ינחנו ואין עמו אל נכר" (דברים לב).
'ה' בדד ינחנו' הוא "הן עם לבדד ישכון ובגויים לא יתחשב" (במדבר כג). עם לבדד הוא עם השוכן בין העמים, ומניף לעיניהם את דגל עץ החיים. 'הן עם לבדד' הוא "הן עם כלביא יקום וכארי יתנשא". האריה השב לארצו בכוח ובגבורה, מחליף את האריה השואג על הנווה החרב. שאגת האריה המקוננת 'אוי לי שהחרבתי את ביתי' (ברכות ג), התחלפה בשאגת התקווה של בניין מלכות ישראל ומקדשו. האור הגדול של הזוהר, הוא שמוציא את ישראל ברחמים מהגלות, ושותל אותם בארצם.
מים שהופכים ממר למתוק, הוא סימן של גאולה, כך בגאולה ממצרים וכך בגאולה המתקרבת. "מאן מנכון די חשוכא מהפכן לנהורא, וטעמין מרירא למתקא, עד לא ייתון הכא. מאן מנכון דמחכאן בכל יומא לנהורא דנהיר, בשעתא דמלכא פקיד לאיילתא, ואתייקר ואתקרי מלכא מכל מלכין דעלמא - מאן דלא מצפה דא בכל יומא בההוא עלמא, לית ליה חולקא הכא" (זוהר הקדמה דף ד).
לעלמא דאתי במתיבתא דרקיעא, יכולים להיכנס רק אלה שידעו להפוך חושך לאור ומר למתוק בעולם הזה. רק אלה שמצפים בכל יום לאור הגדול של המלך הפוגש את כלתו, יש להם חלק בישיבת הרקיע. רק למשכילים כזוהר הרקיע יש מקום במתיבתא דרקיע. זוהר הרקיע המוציא מהגלות ברחמים, הופך גולה לגאולה, מביא את ישראל לארצם, ויוצר מהם עם לבדד ישכון ובגויים לא יתחשב.
